O Ερμαφρόδιτος παρουσιάζεται στην Ελληνική και Ρωμαϊκή μυθολογία και τέχνη ως το ον που έχει ταυτόχρονα τα χαρακτηριστικά και των δύο φύλων.
Η πρωιμότερη αναφορά στον Ερμαφρόδιτο είναι αυτή του Θεοφράστου, τον 4ο αι. π.Χ.
Γνωρίζουμε ακόμα τη συγγραφή ομώνυμου δράματος από τον Έλληνα κωμωδιογράφο Ποσείδιππο, που έζησε στο α' μισό του 3ου αι. π.Χ., το οποίο δυστυχώς δε σώζεται.
Όλες οι άλλες λόγιες πηγές που αναφέρονται σε αυτόν είναι μεταγενέστερες. Ο Διόδωρος ο Σικελιώτης, στα μέσα του 1ου αι. π.Χ., μας πληροφορεί για την καταγωγή και την ονοματολογία του Ερμαφρόδιτου. Συγκεκριμένα αναφέρει ότι ήταν γιος του Ερμή και της Αφροδίτης και ότι το όνομά του αποτελεί συνδυασμό των ονομάτων των γονέων του.
Εκτενέστερα ο μύθος του Ερμαφρόδιτου παραδίδεται από το Λατίνο ποιητή του 1ου αι. π.Χ. Οβίδιο. Ο Ερμαφρόδιτος ήταν γιος του Ερμή και της Αφροδίτης τον οποίο ανέθρεψαν οι νύμφες στις σπηλιές του όρους Ίδη της Φρυγίας. Στο πρόσωπό του αντιφέγγιζε η χάρη και η ομορφιά και των δύο γονέων του, από τους οποίους πήρε και το όνομά του. Όταν έγινε δεκαπέντε χρόνων, εγκατέλειψε το βουνό όπου μεγάλωσε για να περιπλανηθεί στη Μικρά Ασία και να γνωρίσει καινούργια μέρη.
Πέρασε από πόλεις της Λυκίας, καθώς και από την Καρία, όπου σταμάτησε να ξεκουραστεί σε μια πηγή που ονομαζόταν Σαλμακίς, τα νερά της οποίας σχημάτιζαν λίμνη. Η ομώνυμη νύμφη της πηγής, η φιλάρεσκη Σαλμακίς, μαγεύτηκε από την ομορφιά του νέου και τον ερωτεύτηκε παράφορα.
Ο Ερμαφρόδιτος όμως έμεινε ασυγκίνητος και αδιάφορος μπροστά στο ερωτικό πάθος της. Όταν εκείνη ένιωσε πως οι προσπάθειές της να τον κατακτήσει απέβαιναν μάταιες, προσποιήθηκε την αδιάφορη και απομακρύνθηκε από την πηγή. Ο Ερμαφρόδιτος, νομίζοντας ότι έμεινε μόνος, βούτηξε στο νερό της πηγής. Η Σαλμακίς όμως, που είχε κρυφτεί σε ένα γειτονικό θάμνο και παρακολουθούσε τις κινήσεις του νέου, βλέποντάς τον ανυπεράσπιστο μέσα στο βασίλειό της, βούτηξε και αυτή στην πηγή.
Ο Ερμαφρόδιτος, όσο και αν προσπάθησε, δεν κατάφερε να ξεφύγει από την αγκαλιά της νύμφης, που τυφλωμένη από το πάθος παρακάλεσε τους θεούς να μη χωρίσουν ποτέ οι δυο τους. Οι θεοί πραγματοποίησαν την επιθυμία της και συνένωσαν τα δύο σώματα σε ένα, δημιουργώντας ένα καινούργιο ον με διττή φύση, ούτε ξεκάθαρα γυναικεία ούτε ξεκάθαρα ανδρική. Ο Ερμαφρόδιτος, καθώς ένιωθε το σώμα του να αφομοιώνεται με το θηλυκό, καταράστηκε την πηγή και παρακάλεσε τους γονείς του όποιος άντρας πέφτει στα νερά της να χάνει τον ανδρισμό του και να εκθηλύνεται. Ο Ερμής και η Αφροδίτη εισάκουσαν την παράκληση του γιου τους και έδωσαν στην πηγή τη μυστηριώδη αυτή δύναμη.
Ο μύθος που παραδίδεται από τον Οβίδιο είναι αιτιολογικός και έχει πιθανώς Ελληνική καταγωγή. Ο ποιητής ξεκινά τη μυθική διήγηση προσπαθώντας να αιτιολογήσει την κακή φήμη που είχε η πηγή Σαλμακίς, για την οποία κάνουν λόγο τόσο ο Στράβων όσο και ο Βιτρούβιος. Παράλληλα ο Οβίδιος αιτιολογεί την ιδιόμορφη φυσιολογία και το ασυνήθιστο όνομα του Ερμαφρόδιτου.
Η παράδοξη διττή υπόσταση του Ερμαφρόδιτου προκάλεσε το ενδιαφέρον πολλών συγγραφέων της όψιμης περιόδου, όπως του Λουκιανού, του Μαρτιάλη και του Αυσονίου. Mνεία στον Ερμαφρόδιτο γίνεται και στην Παλατινή Ανθολογία και αφορά μια παράδοση πιθανής ερωτικής συνεύρεσής του με το Σειληνό, που απηχείται στην τέχνη.
Εκτός της Μυθολογίας στην «εσωτερική»
(αποσυμβολισμός) υπάρχει αναφορά στο αρχέγονο ερμαφρόδιτο στάδιο της «ανθρωπότητας», ας διαβάσουμε εδώ πως περιγράφει στο Συμπόσιο ο Πλάτωνας το αρχέγονο αυτό όν:
«… υπήρχε λοιπόν τότε το ανδρόγυνο, που και στην εμφάνιση και στο όνομα αποτελούσε συνδυασμό του αρσενικού και του θηλυκού" τώρα όμως δεν υφίσταται πια αλλά το όνομα χρησιμεύει σαν βρισιά. Έπειτα ολόκληρο το σώμα κάθε ανθρώπου ήταν στρογγυλό, έχοντας ολόγυρα τη ράχη και τα πλευρά. Χέρια είχε τέσσερα και πόδια ίσα με τα χέρια, και πρόσωπα δύο πάνω από κυκλικό αυχένα, ολόιδια μεταξύ τους. Κεφάλι ένα πάνω από τα δύο πρόσωπα που βρίσκονταν το ένα απέναντι στο άλλο και αυτιά τέσσερα και διπλά γεννητικά όργανα, και όλα τα άλλα όπως θα μπορούσε κανείς από αυτά να εικάσει.
Προχωρούσε λοιπόν και όρθιο όπως και τώρα προς οποιαδήποτε κατεύθυνση ήθελε, αλλά και όταν επιθυμούσε να τρέξει γρήγορα, όπως οι ακροβάτες, που φέρνοντας τα πόδια επάνω κινούνται κυκλικά, έχοντας τότε οχτώ σκέλη, στηριζόταν σ' αυτά και μετακινούνταν γρήγορα κυκλικά. Και ήταν τρία τα γένη και τέτοια, γιατί το αρσενικό γεννήθηκε αρχικά από τον ήλιο, το θηλυκό από τη γη κι εκείνο που μετείχε και των δύο από τη σελήνη, γιατί και η σελήνη μετέχει και των δύο. Ήταν δε κυκλικά, και αυτά και η πορεία τους, γιατί ήταν όμοια με τους γονείς τους και ήταν φοβερά ως προς τη δύναμη και τη σωματική τους αντοχή και είχαν πολύ μεγάλη έπαρση.
Τα έβαλαν μάλιστα και με τους θεούς, και αυτό που λέει ο Όμηρος για τον Εφιάλτη και για τον Ώτο, για εκείνους το λέει, το ότι δηλαδή προσπάθησαν να ανεβούν στον ουρανό για να επιτεθούν στους θεούς. Ο Ζευς τότε και οι άλλοι θεοί σκέφτονταν τι πρέπει να τους κάνουν και δεν έβρισκαν λύση, γιατί δεν μπορούσαν ούτε να τους σκοτώσουν και, όπως τους Γίγαντες, να τους κατακεραυνώσουν για να αφανίσουν το γένος τους (γιατί έτσι οι τιμές προς αυτούς και οι θυσίες των ανθρώπων θα χάνονταν), ούτε όμως και να τους αφήσουν να παρεκτρέπονται.
Τέλος ο Ζευς σκέφτηκε κάτι και τους λέει: Μου φαίνεται, είπε, πως μηχανεύτηκα έναν τρόπο ώστε και να διατηρηθούν οι άνθρωποι και να πάψει ο εκτραχηλισμός τους, αφού θα έχουν γίνει ασθενέστεροι. Τώρα λοιπόν αυτούς, είπε, θα τους κόψω τον καθένα στη μέση, κι έτσι και ασθενέστεροι θα είναι και χρησιμότεροι σ' εμάς, γιατί θα είναι πολυπληθέστεροι. Και θα βαδίζουν όρθιοι πάνω στα δύο σκέλη.
Αν όμως εξακολουθήσουν να παρεκτρέπονται και δεν θελήσουν να ησυχάσουν, και πάλι είπε, θα τους κόψω στα. δύο, ώστε να περπατούν πάνω στο ένα πόδι σα να παίζουν κουτσό. Αφού τα είπε αυτά, έκοψε τους ανθρώπους στη μέση, όπως εκείνοι που κόβουν τα μούσμουλα για να τα ξεράνουν, ή όπως εκείνοι που κόβουν τα αβγά με μια τρίχα. Και όποιον έκοβε, έβαζε τον Απόλλωνα να του γυρίζει το πρόσωπο και τον μισό λαιμό προς την τομή, ώστε βλέποντας το κόψιμό του να γίνει ο άνθρωπος φρονιμότερος και τον έβαζε να γιατρέψει και τα άλλα.
Αυτός λοιπόν του γύριζε το πρόσωπο και, τραβώντας από παντού το δέρμα προς αυτό που λέμε τώρα κοιλιά, όπως τα σουρωτά πουγκιά, το έδενε στη μέση της κοιλιάς αφήνοντας ένα στόμιο, αυτό που λέμε αφαλό. Και τις άλλες ρυτίδες τις πολλές τις λείαινε και διάρθρωνε τα στήθη έχοντας ένα όργανο παρόμοιο μ' εκείνο που χρησιμοποιούν οι τσαγκάρηδες για να λειαίνουν τις ρυτίδες των δερμάτων γύρω από τα καλαπόδια. Άφησε όμως λίγες, αυτές που βρίσκονται γύρω από την κοιλιά και τον αφαλό, για να αποτελούν ανάμνηση του παλιού παθήματος. Επειδή λοιπόν η φύση διχοτομήθηκε, ποθώντας το καθένα το μισό του, πήγαινε μαζί του.
Και τυλίγοντας τα χέρια του ο ένας γύρω από τον άλλον και αγκαλιασμένοι μεταξύ τους, θέλοντας να ξαναενωθούν, πέθαιναν από την πείνα και την απραξία, γιατί δεν ήθελαν να κάνει τίποτα ο ένας χωρίς τον άλλον. Και όποτε πέθαινε το ένα από τα δυο μισά και παρέμενε το άλλο, εκείνο που παρέμενε επιζητούσε άλλο και αγκαλιαζόταν μαζί του, είτε τύχαινε να είναι το ήμισυ μιας ολόκληρης γυναίκας (αυτό που τώρα ονομάζουμε γυναίκα), είτε ενός άντρα, και έτσι χάνονταν. Τους λυπήθηκε όμως ο Ζευς και μηχανεύτηκε κάτι άλλο, μεταθέτοντας τα γεννητικά τους όργανα μπροστά γιατί προηγουμένως τα είχαν κι αυτά προς τα έξω και η γονιμοποίηση και η γέννηση γινόταν όχι επάνω τους αλλά στη γη, όπως και στα τζιτζίκια.
Τα μετέθεσε λοιπόν έτσι αυτά μπροστά και έκανε ώστε μ' αυτά να γίνεται η γονιμοποίηση μέσα τους, με το αρσενικό μέσα στο θηλυκό, ώστε με το αγκάλιασμα, αν τύχει να είναι ανάμεσα σε άντρα και γυναίκα, να γίνεται γονιμοποίηση και να αναπαράγεται το γένος, ή αν είναι άντρας με άντρα, να επέρχεται κορεσμός από τη συνουσία και να υπάρχουν παύσεις, και να στρέφονται στις δουλειές τους και να ασχολούνται με τα διάφορα ζητήματα της ζωής.
Είναι λοιπόν από τόσο παλιά ο έρωτας έμφυτος στους ανθρώπους και τους επαναφέρει στην αρχαία φύση, και επιχειρεί να κάνει από τα δύο ένα, και να γιατρέψει την ανθρώπινη φύση. Ο καθένας λοιπόν από μας είναι κομμάτι ανθρώπου, σαν κομμένος από ένα στα δύο, όπως οι γλώσσες τα ψάρια, κι αναζητεί πάντοτε ο καθένας το κομμάτι που του λείπει…»
Καθόλου επίσης τυχαίο πως σύμφωνα με την Ορφική Κοσμογονία ο Ηρικαπαίος ή και Ηρικεπαίος ήταν ερμαφρόδιτο ον το οποίο και χαρακτηριζόταν κυρίαρχη πρωτόγονη και ζωοδότης δύναμη του κόσμου. Κατά την Ορφική κοσμογονία στην αρχή δημιουργήθηκε ο Χρόνος και εξ αυτού η δυάδα Αιθήρ και Χάος, τα οποία μετά του κοσμογονικού Ωού (αυγού) παρήγαγαν την πρώτη θεϊκή τριάδα. Στη συνέχεια από τη γονιμοποίηση του Ωού προήλθαν ο Έρως, ο Φάνης (δηλαδή ο θεός του φωτός) και ο Μήτις (ο θεός της σκέψης, της φρόνησης) που αποτέλεσαν έτσι τη δεύτερη θεϊκή τριάδα..
Λατρεία
Η θεοποίηση καθώς και οι απαρχές της λατρείας των ερμαφρόδιτων όντων προέρχονται από τις ανατολικές θρησκείες, όπου η ερμαφρόδιτη φύση εξέφραζε την ιδέα ενός αρχέγονου όντος το οποίο συνένωνε τα δύο φύλα και είχε τη δύναμη να αυτογονιμοποιείται. Στην Ελλάδα και στη Μικρά Ασία ερμαφρόδιτα χαρακτηριστικά εμφανίζουν κατά περίπτωση γνωστές μεγάλες θεότητες, όπως ο Διόνυσος, ο Ζευς Στράτιος, ο Έρως, η Κυβέλη, η Άγδιστις και η Αφροδίτη, η οποία στην Κύπρο λατρευόταν ως Αφρόδιτος και παριστανόταν ως θηλυκή υπόσταση με γενειάδα και φαλλό.
Στον Ελλαδικό χώρο η λατρεία που Ερμαφρόδιτου πρέπει να εισήχθη στις αρχές του 4ου αι. π.Χ., οι γνώσεις όμως για αυτήν είναι πενιχρές. Δεν έχουμε πληροφορίες για το αν αποτέλεσε μία από τις σημαντικές θεότητες στο ελληνικό πάνθεον ούτε για το είδος των ιδιοτήτων που είχε. Διατυπώθηκε η υπόθεση, καθώς ο Ερμαφρόδιτος ενσάρκωνε την πλήρη ενότητα και αρμονία των δύο φύλων, ότι επρόκειτο πιθανόν για θεότητα άμεσα συνδεδεμένη με τη γονιμότητα και την αναπαραγωγή και λατρευόταν ως προστάτης του γάμου και της σεξουαλικής ένωσης.
Παράλληλα, οι απεικονίσεις του κατά την Ελληνιστική και Ρωμαϊκή περίοδο σε ιδιωτικές οικίες, θέατρα, λουτρά και γυμνάσια οδήγησε στο συμπέρασμα ότι πιθανώς είχε αποδοθεί στη θεότητα αποτροπαϊκή ιδιότητα. Επιπλέον οι μορφές του Ερμαφρόδιτου από τερακότα που βρέθηκαν σε ελληνιστικούς τάφους στην Ελλάδα και οι απεικονίσεις του σε ρωμαϊκά ταφικά μνημεία απηχούν ίσως κάποια χθόνια υπόσταση.
Αξιοσημείωτο είναι ότι οι Έλληνες και Λατίνοι συγγραφείς δε φαίνεται να τον συσχετίζουν με τους ανθρώπους που εκ γενετής είχαν αδιευκρίνιστα σεξουαλικά χαρακτηριστικά, οι οποίοι θεωρούνταν μίασμα και δυσοίωνα όντα και γι’ αυτό θανατώνονταν. Από τα λεγόμενα του Θεοφράστου διαφαίνεται ότι ο Ερμαφρόδιτος δεχόταν λατρευτικές τιμές, ενώ ο Αλκίφρων κάνει λόγο για την παρουσία ιερού αφιερωμένου στη θεότητα στο δήμο Αλωπεκής της Αττικής. Δυστυχώς δεν υπάρχουν στοιχεία για ιερά αφιερωμένα στον Ερμαφρόδιτο στη Μικρά Ασία.
Κατά την λατρεία του οι άνδρες ντύνονταν ως γυναίκες και οι γυναίκες ως άνδρες.
Τέχνη
Ο Ερμαφρόδιτος εικονίζεται συχνά στην ελληνιστική και ρωμαϊκή τέχνη σε γλυπτά, τοιχογραφίες και ψηφιδωτά. Φιλολογικές και επιγραφικές μαρτυρίες αναφέρουν γλυπτά έργα με τη μορφή του. Αξιοσημείωτη είναι η μνεία του Πλινίου σε ένα χάλκινο άγαλμα που επονομαζόταν Hermaphroditus nobilis, κατασκευασμένο από το γλύπτη Πολυκλή.
Ο Ερμαφρόδιτος εικονίζεται στα έργα τέχνης της Αρχαιότητας γυμνός ή εν μέρει ντυμένος, είτε έχοντας κορμί εφήβου με γυναικεία στήθη και ανδρικά γεννητικά όργανα είτε με ευλύγιστο καλλίγραμμο γυναικείο κορμί και ανδρικά γεννητικά όργανα. Στη γλυπτική ιδιαίτερα διαδεδομένος ήταν ο τύπος του «ανασυρόμενου Ερμαφρόδιτου», που ανασηκώνει τα ιμάτιό του επιδεικνύοντας τα γεννητικά του όργανα.
Περίφημη όμως είναι και η φιγούρα του επονομαζόμενου «κοιμώμενου Ερμαφρόδιτου», έργο της Ελληνιστικής περιόδου που σώζεται σε πολλά ρωμαϊκά αντίγραφα.
Συχνά συναντούμε τον Ερμαφρόδιτο σε γλυπτά συμπλέγματα, είτε μαζί με την Αφροδίτη είτε μαζί με Ερωτιδείς ή τον Πάνα είτε με μορφές του βακχικού θιάσου. Στις τοιχογραφίες της Πομπηίας απεικονίζεται με το Σειληνό, γεγονός που απηχεί μάλλον την παράδοση που συνδέει τα δύο αυτά μυθικά πρόσωπα. Δε γνωρίζουμε έργα τέχνης της Αρχαιότητας τα οποία να απεικονίζουν το μύθο του Ερμαφρόδιτου και της νύμφης Σαλμακίδος που παραδίδει ο Οβίδιος. Αντίθετα, στην Αναγέννηση και σε μεταγενέστερες περιόδους ο μύθος αυτός αποτέλεσε πηγή έμπνευσης πολλών καλλιτεχνών.
Στη Μικρά Ασία βρέθηκε μικρός αριθμός γλυπτών με τη μορφή του Ερμαφρόδιτου. Από τη Σμύρνη προέρχεται ένα άγαλμα του τύπου του «ανασυρόμενου Ερμαφρόδιτου», ενώ δύο μαρμάρινες ερμαϊκές στήλες με τη μορφή του Ερμαφρόδιτου ανακαλύφθηκαν στο Πέργαμον. Στο Πέργαμον βρέθηκε επίσης ένα εξαιρετικό μαρμάρινο άγαλμά του που χρονολογείται στο 2ο αι. π.Χ.
Ο Ερμαφρόδιτος στέκεται ημίγυμνος, με μανδύα ριγμένο στο αριστερό του χέρι και λυγίζοντας το σώμα προς τα πίσω, αποκαλύπτοντας έτσι τα γεννητικά του όργανα. Η στάση παραπέμπει σε αγαλματικούς τύπους της Αφροδίτης, του Διονύσου και του Απόλλωνα. Κάποια τμήματα από γλυπτά συμπλέγματα Ρωμαϊκής εποχής που παρίσταναν τον Ερμαφρόδιτο μαζί με σάτυρο βρέθηκαν στη Σίδη, στη Σμύρνη, καθώς και στην Αντιόχεια της Συρίας, από όπου προέρχονται και σπαράγματα μωσαϊκών που έφεραν και αυτά παράσταση του Ερμαφρόδιτου με σάτυρο.
Σύμφωνα με αυτόν, οι επίλεκτοι στρατιώτες έπεσαν θύματα μιας βάρβαρης ενέδρας. 
Στις αρχές της δεκαετίας του ’90, όταν ήμασταν ακόμα πολύ νέοι και αισιόδοξοι, διαβάζαμε μετά μανίας το βιβλίο Cyberia του Ντάγκλας Ράσκοφ, τον περίφημο οδηγό επιβίωσης στον κυβερνοχώρο, που, τότε, βρισκόταν στα σπάργανα. Εκείνη την εποχή, η τεχνολογική επανάσταση υποσχόταν τα πάντα. «Οι κανόνες της γραμμικής πραγματικότητας δεν έχουν πια καμία ισχύ. Ακόμα και οι φανατικοί οπαδοί των νόμων της φυσικής και των μαθηματικών ανακάλυψαν ότι οι αριθμοί και τα σωματίδια έχουν πάψει να συμπεριφέρονται με τον προβλέψιμο τρόπο των γραμμικών εξισώσεων», έγραφε ο Ράσκοφ. Μιλούσε ακόμα για την ύπαρξη μιας «αθέατης επικράτειας» της οποίας μόνο η μία πλευρά ταυτίζεται με τη φυσική πραγματικότητα, και για την ανάγκη επινόησης μιας καινούργιας λέξης που θα την εκφράζει. Στο βιβλίο του αποκαλείται Κυβερία.