Στην επίπεδη επιφάνεια του ακρωτηρίου Ποσείδι, 4 χλμ. δυτικά της πόλης, η ανασκαφή έφερε στο φως το ιερό της Μένδης, το οποίο ήταν αφιερωμένο στον Ποσειδώνα. Όπως διαπιστώθηκε και από τη γεωλογική έρευνα το ιερό καταλαμβάνει ολόκληρη την έκταση μιας αμμώδους χερσονήσου, μήκους 150 περίπου μέτρων και πλάτους 60, έτσι ώστε τα κτίριά του να προβάλλονται μέσα στη θάλασσα, όπως οι αντίστοιχοι ναοί στο Σούνιο και τη Νάξο. Η γεωμορφολογία του ακρωτηρίου μεταβλήθηκε σημαντικά από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα, λόγω των αποθέσεων και μετατοπίσεων της άμμου από τις τρικυμίες αλλά και των μεγάλων σεισμικών ρηγμάτων. Η πυκνή διάταξη των τεσσάρων κτιρίων που έχουν προς το παρόν ερευνηθεί, υποδηλώνει την έλλειψη διαθέσιμου χώρου, κανένα κτίριο ωστόσο δεν φαίνεται να είχε καταργήσει ουσιαστικά τη χρήση του αρχαιότερου, ενώ αρκετά αποσπασματική ήταν η κατάσταση διατήρησης των περισσότερων θεμελίων.
Η πρώτη ένδειξη λατρείας στον χώρο του ιερού διαπιστώνεται από το τέλος των μυκηναϊκών χρόνων, στα τέλη του 12ου ή τις αρχές του 11ου αι. π.Χ. Την περίοδο αυτή ανοίχθηκε ένας αρκετά μεγάλος λάκκος, βάθους περίπου μισού μέτρου, μέσα στην άμμο, για την καύση των σφαγίων που προσφέρονταν στον θεό. Ο τύπος αυτός του κατάγειου βωμού, η εσχάρα, συναντάται κυρίως στη λατρεία των χθόνιων θεών, αυτών δηλαδή που κατοικούσαν μέσα στη γη. Δεν υπάρχουν σαφείς ενδείξεις για τη θεότητα στην οποία ήταν αφιερωμένη η πρώιμη αυτή λατρεία στο ιερό της Μένδης. O Ποσειδώνας, με την ιδιότητά του ως θεού των σεισμών και των υδάτων, «γαιήοχος», κύριος δηλαδή της γης και ενοσίχθων, ήταν ένας από τους χθόνιους θεούς. Το πρωιμότερο αυτό στρώμα, το οποίο αποτελούσαν στάχτες και καμένα λιπαρά χώματα, περιείχε πολλά οστά ζώων, αλλά και όστρεα και τμήματα κυρίως από αμφορείς και κρατήρες. Σταδιακά τα υπολείμματα των θυσιών γέμισαν τον λάκκο και υψώθηκαν πάνω από την επιφάνεια του εδάφους, ενώ ατελείς περίβολοι ή λιθοσωροί από πέτρες και βότσαλα που τοποθετήθηκαν κατά καιρούς τα συγκρατούσαν στη θέση τους.
Στις αρχές των πρωτογεωμετρικών χρόνων κατασκευάσθηκε στην περιοχή αυτή το πρώτο κτίριο του ιερού, το κτίριο ΣΤ, το οποίο περιέκλεισε τον βωμό, χωρίς ωστόσο να τον καταστρέψει. Οι θυσίες στον ίδιο χώρο και στην ίδια θέση εσωτερικά του κτιρίου συνεχίστηκαν μέχρι και τον 5ο αι. π.Χ. Τα στρώματα των αρχών του 8ου και του 7ου αι. π.Χ. συγκρατούσαν επίσης καμπύλοι περίβολοι, ενώ τα αντίστοιχα του 5ου αι. μια ορθογώνια κατασκευή. Από το υπογεωμετρικό ή πρώιμο αρχαϊκό στρώμα θυσιών του αψιδωτού κτιρίου προέρχεται και η αρχαιότερη μέχρι σήμερα επιγραφή της Χαλκιδικής χαραγμένη στη λαβή υστερογεωμετρικού αμφορέα. Τα αλλεπάλληλα αυτά στρώματα από υπολείμματα θυσιών και ιερών δείπνων που προσφέρονταν στον Ποσειδώνα στη διάρκεια των αιώνων σχημάτισαν σταδιακά εσωτερικά του αψιδωτού κτιρίου έναν υπερυψωμένο «βωμό στάχτης», ύψους 1,85 μ. Πρόκειται για έναν πανάρχαιο τύπο βωμού που σχηματίζεται από τη συνεχή συσσώρευση των καταλοίπων των θυσιών, ο οποίος μας είναι γνωστός τόσο από τη γεωμετρική φάση του ιερού του Απόλλωνα στην Ερέτρια, όσο και από τον μυκηναϊκό ναό του Απόλλωνα Μαλεάτα στην Επίδαυρο.
Το κτίριο ΣΤ είναι μια μακρόστενη μονόχωρη κατασκευή, με κατεύθυνση βόρεια-νότια, μήκους 14,27 μ. και πλάτους 5,42 μ. Η βόρεια πλευρά του σχηματίζει αψίδα, ενώ η νότια είναι ανοικτή προς τη θάλασσα. Την υποθεμελίωση των τοίχων αποτελούσαν μεγάλες κροκάλες και βότσαλα, την ευθυντηρία σειρές από λιγότερο ή περισσότερο κατεργασμένες πέτρες, ενώ η ανωδομή ήταν πιθανότατα κατασκευασμένη από άψητα πλιθιά και ενισχυμένη με ξύλινους πασσάλους τοποθετημένους σε επαφή με τους τοίχους. Το δάπεδο του κτιρίου ήταν από πατημένο κιτρινωπό πηλό. Οι δύο μακριές πλευρές κατέληγαν σε όρθια τοποθετημένες πλάκες, εσωτερικά των οποίων σχηματίζονταν υποδοχές για πασσάλους. Δύο μεγάλες κυκλικές κατασκευές από πηλό, στον διαμήκη άξονα του κτιρίου και πάνω στο δάπεδο, χρησίμευαν πιθανότατα και αυτές για τη στήριξη της στέγης. Σύμφωνα με τα δεδομένα της ανασκαφικής έρευνας το κτίριο κατασκευάσθηκε στα τέλη του 11ου ή στις αρχές του 10ου αι. π.Χ., αλλά σταμάτησε να λειτουργεί ένα αιώνα αργότερα. Η διακοπή αυτή, η οποία διήρκεσε σε ολόκληρο τον 9ο αι. π.Χ., και η οποία αποδεικνύεται από ένα παχύ στρώμα καθαρής αιολικά φερτής άμμου που σκεπάζει το πρωτογεωμετρικό λιθόστρωτο εξωτερικά του κτιρίου, πρέπει να συνέβη ενώ το αψιδωτό κτίριο έσωζε ακόμη την ανωδομή του. Είναι ωστόσο βέβαιο ότι η ανωδομή δεν υπήρχε πλέον στη διάρκεια του 7ου αι., καθώς το στρώμα των θυσιών ακουμπά πάνω στο θεμέλιο του τοίχου.
Το αψιδωτό κτίριο ΣΤ είναι το πρωιμότερο μέχρι σήμερα κτίριο με αποκλειστικά λατρευτική χρήση στη βόρεια Ελλάδα, αλλά και ένα από τα πρωιμότερα σε ολόκληρο τον υπόλοιπο ελλαδικό χώρο. Η σημαντική του θέση αλλά και η μετέπειτα σχέση του με το ιερό, οι αξιοσημείωτες διαστάσεις και η φροντίδα της κατασκευής, η απουσία εσωτερικών χωρισμάτων και η ανοικτή πλευρά στα νότια, σε συνδυασμό με την παρουσία του βωμού των θυσιών και των λάκκων-βόθρων, είναι τα κριτήρια τα οποία πιστοποιούν τον αποκλειστικά λατρευτικό του προορισμό.
Στα τέλη του 7ου ή τις αρχές του 6ου αι. π.Χ. άρχισε να κατασκευάζεται στο ιερό ένα νέο αψιδωτό κτίριο, το κτίριο Γ, το οποίο φαίνεται ότι ολοκληρώθηκε στο δεύτερο τέταρτο του 6ου αι. Η κατασκευή του πιθανότατα ξεκίνησε από τη νότια πλευρά, όπου δημιουργήθηκε μια αψίδα, η οποία κατέστρεψε εν μέρει την αψίδα του κτιρίου ΣΤ. Παράλληλα μια δεύτερη αψίδα διαμορφώνεται στη βόρεια στενή πλευρά, ενώ ένας εσωτερικός εγκάρσιος τοίχος τέμνει τον χώρο στο ύψος περίπου της γένεσης της νότιας αψίδας. Αν και έχει ανάλογο προσανατολισμό με το αρχαιότερο κτίριο ωστόσο παρουσιάζει μικρή απόκλιση σε σχέση με αυτό, ενώ οι διαστάσεις του είναι αρκετά μεγαλύτερες (μήκος 25,20 μ. και πλάτος 7 μ.). Εκτός από το θεμέλιο σώζεται ένα τμήμα του δυτικού τοίχου του, κτισμένο με καμπύλους αρμούς κατά το λέσβιο αρχαϊκό σύστημα, ενώ το δάπεδό του ήταν από συμπαγή κίτρινο πηλό. Το κτίριο επισκευάζεται στα τέλη του 3ου αι. π.Χ., οπότε και δημιουργήθηκε ένα δεύτερο δάπεδο από συμπαγές λευκό κονίαμα, το οποίο σχημάτιζε περιμετρικά έναν χαμηλό αναβαθμό ίσως για την τοποθέτηση εδράνων και κλινών. Το ελληνιστικό δάπεδο κατέστρεψε στη μεγαλύτερή του έκταση η διάνοιξη λάκκων στους ρωμαϊκούς χρόνους.
Στα τέλη του 6ου αι. π.Χ. κατασκευάζεται ένα ακόμη κτίριο, το κτίριο Β, το οποίο βρίσκεται στη νοτιοδυτική γωνία του ανεσκαμμένου χώρου. Είναι ορθογώνιο, με μήκος 20 μ. και πλάτος 16 μ., η χρήση του ωστόσο δεν έχει προς το παρόν εξακριβωθεί. Ένα μικρό τετράγωνο δωμάτιο προστέθηκε στα βορειοανατολικά του, στο β' μισό του 4ου αι., όταν πλέον το ίδιο το κτίριο είχε πάψει να λειτουργεί.
Μισό αιώνα αργότερα, γύρω στα μέσα του 5ου αι. π.Χ. κτίζεται νέος ναός, το κτίριο Α, αν και το κτίριο Γ εξακολουθούσε να είναι ακόμη σε λειτουργία. Έχει περίπου ίδιες διαστάσεις με αυτό (μήκος 23,20 μ. και πλάτος 8,35 μ.), ταυτόσημο προσανατολισμό Β-Ν και οι δύο μακρές πλευρές τους σχεδόν εφάπτονται. Το κτίριο ενσωμάτωσε ένα τμήμα των θεμελίων και του κτιρίου Β, χωρίς ωστόσο να το καταστρέψει, γεγονός που αποδεικνύει ότι τα δύο κτίρια λειτουργούσαν παράλληλα. Το κτίριο Α έχει την τυπική μορφή ενός ελληνικού ναού, με πρόδομο και επιμήκη σηκό. Δεν υπήρξαν ενδείξεις για την ύπαρξη εξωτερικής κιονοστοιχίας, ενώ περισσότερο πιθανό θεωρείται να υπήρχαν κίονες εν παραστάσι, δηλαδή ανάμεσα στις απολήξεις των δύο πλευρικών τοίχων, στην είσοδο του ναού στη νότια πλευρά. Αναγνωρίσιμα αρχιτεκτονικά μέλη δεν βρέθηκαν στο κτίριο, εκτός ίσως από κάποια πώρινα αποτμήματα σε αποθέτες στα δυτικά του.
Την περίοδο ακμής του ιερού, στη διάρκεια του 6ου αι. και στις αρχές του 5ου αι. π.Χ. μέχρι περίπου τους περσικούς πολέμους, και προκειμένου να καλυφθούν οι αυξημένες ανάγκες, για την τέλεση των θυσιών εκτός από τον βωμό της στάχτης χρησιμοποιήθηκε και ο χώρος δυτικότερα, εκεί που αργότερα κτίσθηκε το κτίριο Α. Όπως αποδείχθηκε, ιδιαίτερα ο πρόναος αλλά και το νότιο μέρος του σηκού ήταν θεμελιωμένα πάνω σε πυκνές κατάγειες εσχάρες ή πυρές, μέσα στις οποίες βρέθηκαν άφθονα οστά ζώων και όστρεα, σιδερένιοι οβολοί, οστέινες χάνδρες περιδεραίου, καθώς και αρκετά αγγεία. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν χιακές κύλικες, κορινθιακά μυροδοχεία και οινοχοΐσκες, λεπτεπίλεπτες ιωνικές κύλικες και αττικές μελανόμορφες μικρογραφικές κύλικες. Είναι αξιοπερίεργο ωστόσο ότι απουσιάζουν οι συνηθισμένες σε άλλα ιερά κατηγορίες προσφορών, όπως τα χάλκινα και τα πήλινα ειδώλια. Ένα μόνο πήλινο ειδώλιο βρέθηκε, ιωνικής προέλευσης, στον τύπο του καλοκάγαθου ευτραφούς νάνου, προστάτη ίσως των πλοίων. Από τις πυρές αυτές προέρχεται και ένας μεγάλος αριθμός από επιγραφές αφιερωμένες στον Ποσειδώνα χαραγμένες κυρίως στο χείλος ιωνικών η αττικών κυλίκων, οι οποίες και βοήθησαν στην ταύτιση της θεότητας η οποία λατρευόταν στο αρχαϊκό ιερό, προσφέροντας παράλληλα πολύτιμες πληροφορίες για τα ονόματα και την καταγωγή των προσκυνητών. Από τον κύκλο του Άμαση προέρχεται πιθανότατα η ταινιωτή κύλικα, με τη διονυσιακή παράσταση, που αφιέρωσε στον θεό ο Ζηνόθεμις, ενώ πάνω σε χείλος υστεροαρχαϊκού κρατήρα ο άγνωστος αναθέτης επικαλείται τη βοήθεια του «γαιαόχου κυανοχαίτα» Ποσειδώνα, επαναλαμβάνοντας πιθανά τη γνωστή ομηρική επίκληση του Πολύφημου.
Την εποχή χρήσης του ναού Α, στη διάρκεια του 5ου και 4ου αι. π.Χ., οι θυσίες μετατοπίσθηκαν νοτιότερα, ενώ έξω από τη δυτική πλευρά του δημιουργήθηκαν οι αποθέτες, οι λάκκοι όπου έθαβαν τις άχρηστες πλέον κεραμίδες αλλά και σπασμένα αγγεία από τις προσφορές στον θεό. Οι εγχάρακτες αναθηματικές επιγραφές σε αγγεία που προέρχονται από τους αποθέτες αυτούς είναι πλέον σπάνιες, καθώς η ιδιαίτερα προσφιλής για τον 6ο αι. π.Χ. συνήθεια φαίνεται ότι σταδιακά εγκαταλείπεται στο ιερό της Μένδης. Από τους αποθέτες αυτούς προέρχεται και ένα τμήμα ενσφράγιστης κεραμίδας στέγης με ερωτικό θέμα. Η τρίαινα, σύμβολο του Ποσειδώνα, φαίνεται ότι θα σφραγίσει λίγο αργότερα τις κεραμίδες των κτιρίων του ιερού.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον τέλος παρουσίασε η ανασκαφή νότια από το αψιδωτό κτίριο ΣΤ. Αλλεπάλληλα στρώματα εμπύρων θυσιών από την υστερομυκηναϊκή έως και την ελληνιστική περίοδο εκτείνονταν εξωτερικά από το κτίριο, στον χαλικόστρωτο υπαίθριο χώρο στα νότια και ανατολικά του. Από τον χώρο αυτό προέρχεται ένας μεγάλος αριθμός θρυμματισμένων αγγείων, κυρίως αμφορέων, διακοσμημένων με το τυπικό κόσμημα της πρωτογεωμετρικής εποχής, τους ομόκεντρους κύκλους. Ιδιαίτερα συχνή ωστόσο ήταν η χρήση του χώρου αυτού και στη διάρκεια των κλασικών και ελληνιστικών χρόνων, όταν κατασκευάσθηκαν εκεί δύο κτιστοί βωμοί. Ο πρώτος, ο οποίος αποκαλύφθηκε αμέσως νότια της εισόδου του κτιρίου ΣΤ, διατηρούσε πάνω στην ορθογώνια θεμελίωση αναθηματική μαρμάρινη επιγραφή του 4ου αι. π.Χ. Την επιγραφή αυτή ο Κάλχας, ο γιος του Λύσεος, που ανήκε στην ομάδα των Πόλεων, αφιέρωσε στον Πόντιο Ποσειδώνα, επιβεβαιώνοντας έτσι τη συνέχεια της λατρείας του στο ιερό της Μένδης.
Ο δεύτερος μικρότερος βωμός, αποτελείται από τέσσερις όρθιες πλάκες, το εσωτερικό των οποίων ήταν γεμάτο με θαλάσσια βότσαλα. Τον βωμό περιέβαλλαν στις τρεις πλευρές, σχεδόν ελλειπτικά, έντεκα συνολικά πήλινοι σωλήνες ή ζεύγη ελληνιστικών λακωνικών καλυπτήρων μπηγμένων στην άμμο, που περιείχαν επίσης άμμο και βότσαλα. Το γέμισμα με βότσαλα επέτρεπε τη ροή των υγρών προσφορών βαθιά μέσα στη γη επιβεβαιώνοντας για ακόμη μια φορά τη χθόνια υπόσταση του Ποσειδώνα. Αξίζει να σημειωθεί ωστόσο ότι αγωγοί χοών σε αυτήν τη μορφή παρατηρούνται για πρώτη φορά σε αρχαίο ιερό.
Στη διάρκεια των ύστερων ελληνιστικών χρόνων φαίνεται ότι το ιερό έπαψε πλέον να λειτουργεί οριστικά και ο χώρος κάλυψε τις ανάγκες κεραμικών εργαστηρίων, ενώ ένα πλήθος λάκκων για τα απορρίμματα ανοίχτηκε εκεί στα ρωμαϊκά χρόνια.
Το ιερό της Μένδης, όπως αποδεικνύεται ανασκαφικά, είναι ένα από τα πρωιμότερα εκτός οικισμού (extra-urban) ιερά σε ολόκληρο τον ελλαδικό χώρο το οποίο και παρέμεινε σε συνεχή σχεδόν χρήση για μια περίπου χιλιετία, από την υστερομυκηναϊκή έως και την ύστερη ελληνιστική περίοδο. Είναι αξιοσημείωτο το γεγονός, ωστόσο, ότι παρά την αρχαιότητα και τη μακρόχρονη χρήση του δεν υπάρχει καμία σχετική αναφορά στις αρχαίες ιστορικές και γεωγραφικές πήγες.
Η κεραμική που προέρχεται από το ιερό στο Ποσείδι παρουσιάζει επίσης ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Στα βαθύτερα στρώματα κυριαρχούν και πάλι τα χειροποίητα όστρακα, η παραγωγή των οποίων φαίνεται να σταματά μόλις τον 7ο αι. π.Χ. Στα στρώματα της υστερομυκηναϊκής περιόδου βρεθήκαν μεγάλες ποσότητες από μυκηναϊκού τύπου σκύφους μαζί όμως με χειροποίητα αγγεία, κυρίως αμφορείς, διακοσμημένα με το τυπικό πρωτογεωμετρικό μοτίβο των ομόκεντρων κύκλων με διαβήτη. Η συνύπαρξη αυτή, γνωστή ήδη και από άλλες θέσεις (Καλαπόδι Φθιώτιδας, Καστανάς και Τούμπα Θεσσαλονίκης), ενισχύει τον προβληματισμό των μελετητών σχετικά με την ύπαρξη ή μη της μεταβατικής υπομυκηναϊκής περιόδου, αλλά και επηρεάζει άμεσα το ανώτερο χρονολογικό όριο του οικισμού της Μένδης. Στο πρωτογεωμετρικό στρώμα υπήρχαν άφθονοι χειροποίητοι, αλλά και τροχήλατοι, σκύφοι και κρατηρίσκοι καθώς και αμφορείς διακοσμημένοι με ομόκεντρους κύκλους. Τα γεωμετρικά ευρήματα από το ιερό ακολουθούν σε μεγάλο βαθμό τα δεδομένα του οικισμού, ενώ έντονη και πάλι είναι η ευβοϊκή παρουσία. Οι νεότερες χρονολογικά φάσεις, τέλος, αντιπροσωπεύονται από έναν μεγάλο αριθμό ευρημάτων, ενώ ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν μερικά εξαιρετικής ποιότητας αττικά αγγεία, πολύτιμα όπως φαίνεται, αναθήματα στον Ποσειδώνα του 6ου και 5ου αι. π.Χ.
Με βάση την εγχώρια αλλά και την εισηγμένη κεραμική από την ανασκαφή στη Μένδη και το Ποσείδι, σε συσχετισμό με τα δεδομένα από άλλες θέσεις (Τορώνη, Σάνη, Όλυνθος, Κούκος Συκιάς), μπορούν να εξαχθούν σχετικά ασφαλή συμπεράσματα για τις επιρροές που δέχθηκε η περιοχή της Χαλκιδικής σε ολόκληρη τη διάρκεια των Σκοτεινών Αιώνων. Με βάση τα στοιχεία αυτά διαπιστώνεται ότι η Χαλκιδική ήδη από τους υπομυκηναϊκούς και πρώιμους πρωτογεωμετρικούς χρόνους έχει δεχθεί επιρροές από τη νότια Ελλάδα και ιδιαίτερα από την Εύβοια, αλλά και τη Θεσσαλία και τις απέναντι ακτές της Πιερίας, ακολουθεί ωστόσο παράλληλα και σε μεγάλο βαθμό και τα πρότυπα της Κεντρικής Μακεδονίας. Η πρώιμη και μέση γεωμετρική περίοδος κινείται στο ίδιο περίπου πλαίσιο χωρίς ιδιαίτερη διαφοροποίηση, ενώ η κεραμική παραγωγή χαρακτηρίζεται από την επιβίωση των προηγούμενων τάσεων με την προσθήκη λίγων νέων στοιχείων. Το γεγονός αυτό μάλιστα, σε συνδυασμό με τις περιορισμένες ακόμη εισαγωγές αλλά και με την απουσία εκτεταμένων ανασκαφικών συνόλων, δεν επιτρέπει προς το παρόν να οριοθετηθούν με ασφάλεια οι πρώιμες αυτές παραγωγές της γεωμετρικής περιόδου. Στη διάρκεια της υστερογεωμετρικής και της πρώιμης αρχαϊκής εποχής παρουσιάζεται μια αξιοσημείωτη διαφοροποίηση. Η οικονομική και πολεοδομική ανάπτυξη των αποικιών της παραλίας και των πόλεων του εσωτερικού, και οι νέες σχέσεις που εμφανίζονται και οδηγούν σε ακμή των τεχνών, προκαλούν τη σταδιακή μείωση της επιρροής της Εύβοιας και τις ισχυρές πλέον επιδράσεις των Κυκλάδων, της Ιωνίας, της Σάμου, της Κορίνθου και της Αιολίδας. Η πολιτική ενοποίηση του βορειοανατολικού Αιγαίου, μετά την επέκταση της περσικής κυριαρχίας στη Θράκη και τη Χαλκιδική, αλλά και η κατάκτηση της Λήμνου από τον Μιλτιάδη, το 513 π.Χ., που οδήγησε στην εποίκηση της Σιθωνίας από τους Πελασγούς, ενίσχυσαν, κατά την Ι. Βοκοτοπούλου την επιρροή της Αιολίδας στη Χαλκιδική. Οι νέες συνθήκες οδηγούν σταδιακά σε μια περισσότερο δυναμική ανάπτυξη της εγχώριας κεραμικής παραγωγής, μέσα από τη συνύπαρξη διαφόρων εργαστηρίων ή γενικότερα καλλιτεχνικών κέντρων στη Χαλκιδική και στην ευρύτερη περιοχή του Θερμαϊκού Κόλπου. Τα κέντρα αυτά βασιζόμενα σε μια κοινή παράδοση, αλλά ακολουθώντας έναν διαφορετικό βαθμό εξέλιξης, προσδιόρισαν την παραγωγή της κεραμικής στις επιμέρους μορφές της. Σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη αυτή φαίνεται ότι έχει και η Μένδη.
Παράλληλα, με βάση τα ανασκαφικά ευρήματα από τη Μένδη, ουσιαστικά αναθεωρούνται οι απόψεις των ιστορικών σχετικά με το θέμα της ίδρυσης του ίδιου του οικισμού και της εξέλιξής του στη διάρκεια των αιώνων. Όπως αποδεικνύεται, ένας οικισμός ιδρύθηκε στη Μένδη ήδη από την ύστερη ή την υπομυκηναϊκή περίοδο, περίπου τέσσερις αιώνες νωρίτερα από την ιστορικά τεκμηριωμένη έλευση των πρώτων αποίκων. Ο οικισμός χαρακτηρίζεται από την αδιάκοπη χρήση του ίδιου οικιστικού και λατρευτικού χώρου αλλά και από τη συνέχεια και συνέπεια στην αρχιτεκτονική και θρησκευτική πρακτική και ιδεολογία. Παράλληλα, ιδιαίτερα πρώιμη και συνεχής είναι η ευβοϊκή επιρροή στην κεραμική και την αρχιτεκτονική, με τη χρησιμοποίηση αλλά και την επιβίωση κάποιων μάλλον κοινών αρχιτεκτονικών τύπων, όπως τα αψιδωτά κτίρια και τα λιθόστρωτα δάπεδα. Τα δεδομένα αυτά σε συνδυασμό με την παρουσία ευβοϊκής κεραμικής και σε άλλες θέσεις της Χαλκιδικής και της Θεσσαλονίκης (Τορώνη, Κούκος Συκιάς, Άσσηρος, Καραμπουρνάκι, Τούμπα Θεσσαλονίκης), οδήγησαν την ανασκαφέα της Μένδης Ι. Βοκοτοπούλου στο συμπέρασμα ότι η εγκατάσταση Ευβοέων στη Μένδη, προερχόμενων από τον ευρύτερο χώρο της Ερέτριας ή πιθανότατα από το Λευκαντί, πρέπει τελικά να συνέβη τον 12ο αι. π.Χ. και στη διάρκεια του α' αποικισμού. Η άποψη αυτή, την οποία έχουν υιοθετήσει σήμερα πολλοί αρχαιολόγοι και ιστορικοί μελετητές του αποικισμού, επιβεβαιώνει τελικά τον γνωστό από τις γραπτές μαρτυρίες, ηγετικό ρόλο των Ευβοέων κατά τη διάρκεια του πρώτου και δεύτερου αποικισμού στη Χαλκιδική και τον Θερμαϊκό κόλπο, ενώ παράλληλα δικαιολογεί κατά ένα σημαντικό μέρος και την αξιομνημόνευτη παρουσία του Ηρακλή στον βορειοελλαδικό χώρο. Από τα μέχρι στιγμής στοιχεία δεν μπορεί ακόμη να προσδιορισθεί με ακρίβεια ο χρόνος και ο τόπος προέλευσης αυτών των πρώτων Ευβοέων, αλλά ούτε και ο τρόπος με τον οποίο εξελίχθηκε ο οικισμός της Μένδης στη διάρκεια των αιώνων. Είναι πιθανό ωστόσο ότι κάποια λιγότερο ή περισσότερο μόνιμη εγκατάσταση δημιουργήθηκε αρχικά εκεί, η οποία, αρκετά αργότερα, οργανώθηκε ως αποικία, με την αποστολή ίσως κάποιου οικιστή από την Ερέτρια. Η μεταγενέστερη αυτή οργάνωση της πόλης, η οποία φαίνεται να δικαιώνει τις ιστορικές πληροφορίες, δεν μπορεί ωστόσο να συσχετισθεί με την επανάχρηση του ιερού στο Ποσείδι στα τέλη του 8ου αι. π.Χ., καθώς δεν υπάρχουν προς το παρόν αντίστοιχα δεδομένα από την ανασκαφή του οικισμού.
Τα δεδομένα από την ανασκαφή στον οικισμό και το ιερό της Μένδης έχουν αποδειχθεί επομένως ιδιαίτερα σημαντικά για την ιστορική έρευνα της Χαλκιδικής αλλά και του βόρειου Αιγαίου γενικότερα, καθώς νέα στοιχεία έχουν επιπλέον προστεθεί σχετικά με τον χαρακτήρα της πρώιμης λατρείας και τον ρόλο της στη διαμόρφωση της πρώιμης πόλης, και κυρίως πολύτιμες πληροφορίες έχουν δοθεί για την κατανόηση τόσο του βόρειου ευβοϊκού αποικισμού όσο και γενικότερα των σχέσεων και επαφών που αναπτύχθηκαν στο Αιγαίο μετά την κατάρρευση του Μυκηναϊκού κόσμου. Οι πρόσφατες έρευνες των Σκοτεινών Αιώνων στο Αιγαίο και τη Μεσόγειο έχουν αποδείξει ότι η περίοδος αυτή, εκτός από περίοδος καταστροφής και προσωρινής εγκατάλειψης οικισμών, ήταν και μια εποχή συνεχών μετακινήσεων για την εξερεύνηση νέων οικονομικών δυνατοτήτων, αγορών και υλικών. Στενότερες σχέσεις φαίνεται ότι αναπτύσσονται την εποχή αυτή αλλά και αργότερα, στην πρώιμη πρωτογεωμετρική περίοδο, ανάμεσα στην Εύβοια, τις ακτές της Θεσσαλίας, τη Λοκρίδα, την Αττική και κάποιες από τις Κυκλάδες, οι οποίες επεκτείνονται, όπως αποδεικνύουν τα πρόσφατα ευρήματα, και στους οικισμούς της Κεντρικής Μακεδονίας. Η ασφάλεια αυτών των σχέσεων, αλλά και η ανάγκη νέων εξερευνήσεων, φαίνεται ότι έδωσαν τελικά την ώθηση στους Ευβοείς να κινηθούν αρχικά προς τα περισσότερο προσιτά παράλια του βόρειου Αιγαίου, πριν τολμήσουν το εγχείρημα προς την Κάτω Ιταλία και Σικελία. Η περιοχή της Χαλκιδικής, με τα εύφορα εδάφη αλλά κυρίως με τα μεταλλεία χαλκού, σιδήρου και χρυσού, φαίνεται επομένως ότι έχει από πολύ νωρίς κινήσει το ενδιαφέρον της Εύβοιας. Η θέση της Μένδης, όχι μόνο κοντά και σχεδόν σε οπτική επαφή με τις Ευβοϊκές ακτές, αλλά και σε ένα καίριο σημείο του Θερμαϊκού Κόλπου, το οποίο εξαιτίας των θαλασσίων ρευμάτων είναι ιδιαίτερα σημαντικό για την κάθε προς βορρά ή ανατολάς ναυσιπλοΐα, θα μπορούσε επιπλέον να καθορίσει την ανάγκη της εγκατάστασης στην περιοχή αυτή.