Στο όνομα του Θεού δικαιολόγησαν την εκμετάλλευση ανθρώπου από άνθρωπο, νομιμοποίησαν την δουλεία, επικρότησαν την αμορφωσιά των λαών και δίδαξαν την υποταγή και την εγκαρτέρηση. Ο πνευματικός σκοταδισμός και η ιδεολογική τρομοκρατία ήταν το μεταφυσικό μορμολύκειο στις οδούς της κυριαρχίας τους, καθώς στο «φύλλο πορείας» τους ήταν γραμμένο ότι το κοινωνικό καθεστώς καθιερώθηκε από τον θεό και δεν μπορεί να αλλάξει με την θέληση των ανθρώπων.
Αυτό είναι το έδαφος πάνω στο οποίο λιπαίνονταν οι διώξεις των διανοουμένων που αναζητούσαν νέους δρόμους στην επιστήμη. Γι’ αυτό θεώρησαν ότι η ελεύθερη επιστημονική έρευνα έθετε σε κίνδυνο τον ιδεολογικό τους μανδύα και γι’ αυτό έδωσαν τις «μάχες» τους ενάντια σε φωτεινά και ανήσυχα πνεύματα της ανθρωπότητας.
Ο μαρξισμός όταν εξετάζει το ζήτημα της θρησκείας δεν ξεχνά το βασικό: τις ταξικές (και συνεπώς εξαιρετικά κοσμικές) αναγκαιότητες που μετέτρεψαν την θρησκεία σε πλευρά των καθορισμένων κοινωνικών σχέσεων, αλλά και σε «εργαλείο» αναπαραγωγής αυτών των σχέσεων.
Οι διώξεις του χριστιανισμού.
Ο χριστιανισμός έδωσε τα διαπιστευτήριά του μόλις άρχισε να αποκτά εξουσία, με αποτέλεσμα την πυρπόληση της Σεραπείου βιβλιοθήκης από τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο Α’ με επίσκοπο Αλεξανδρείας τον Θεόφιλο. Τον ακολούθησε, το 529, ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός, ο οποίος έκλεισε την Ακαδημία Πλάτωνος στην Αθήνα. Στις μαύρες του σελίδες καταγράφεται και ο τραγικός θάνατος της Υπατίας.
Στο Βυζάντιο, ο χριστιανισμός κυνήγησε λυσσαλέα όποια επιστημονική φωνή διατύπωνε κάτι που ξέφευγε από τα θεόπνευστα κείμενα της χριστιανικής πανούκλας.
Ο Μιχαήλ Ψελλός, λόγιος και φιλόσοφος, κατέστη γρήγορα ύποπτος στους εκκλησιαστικούς κύκλους, και ο πατριάρχης Ξιφιλίνος τον κατηγόρησε ότι ήθελε να ανατρέψει τον χριστιανισμό και να εισαγάγει τις δοξασίες του Πλάτωνα και του στωικού Χρυσίππου. Ο Μ.Ψελλός υποχρεώθηκε σε δημόσια ομολογία.
Η Χρονογραφία του περιγράφει τα έτη 976-1078, με βάση τις προσωπικές του παρατηρήσεις. Ο Ψελλός παρουσιάζει τα γεγονότα ως αποτέλεσμα ισχυρών προσωπικών συγκρούσεων, συναισθημάτων και δολοπλοκιών, δίχως να αφήνει χώρο για την “Θεία Πρόνοια”. Ως συγγραφέας ήταν σταθερά ατομιστής στην προσέγγισή του. Κοίταζε τον κόσμο από την δική του οπτική γωνία, άλλοτε σοβαρά και άλλοτε ειρωνικά.
Δίδασκε τα μαθηματικά στηριζόμενος στον Νικόμαχο, τον Ευκλείδη και τον Θέωνα. Ο Ρ. Tannery αναφέρει πως είχε ασχοληθεί και με τον Διόφαντο, όπως προκύπτει από ανέκδοτη επιστολή του. Από άλλες επιστολές του βγαίνει το συμπέρασμα ότι εκτός των άλλων δίδασκε και γεωμετρία («την εν γραμμαίς θεωρίαν»). Εκτός των άλλων έργων του αναφέρεται και το επίτομο Περί Αριθμών, το οποίο αναφέρεται στο χαμένο 7ο βιβλίο του Ιάμβλιχου, Συναγωγή των πυθαγόρειων δογμάτων. Εγραψε και φυσικές πραγματείες. Σε επιστολή του αναφέρει ότι οι φθορές και οι γενέσεις της ύλης γίνονται από φυσικά αίτια και όχι από αόρατες και μυστικές δυνάμεις. Αυτή η θεώρηση του έδωσε την δυνατότητα να ερμηνεύσει τις μεταμορφώσεις της ύλης και τις αλλαγές της φύσης κάτω από τo πρίσμα ενός φυσικού νόμου.
Ο Ιωάννης ο Ιταλός, καθηγητής Φιλοσοφίας στη θέση του Ψελλού, κατηγορήθηκε ότι δίδασκε αίρεση, ότι θεωρούσε την ύλη άναρχη και αδημιούργητη και ότι δεχόταν ως υπαρκτές τις πλατωνικές ιδέες. Παρ’ όλο που δήλωσε μετάνοια, αρχικά περιορίστηκε σε μονή και κατόπιν καταδιώχθηκε γιατί θεωρήθηκε ότι η διδασκαλία του παρακινούσε στην επαναφορά της παλαιάς θρησκείας.
Ο Ιωάννης διακήρυσσε προφανώς ότι αρκεί η πραγματική, δηλαδή κοσμική, επιστήμη ώστε να διερευνηθεί η αλήθεια, ότι η φιλοσοφική σκέψη είναι αυτόνομη, ακόμη και ξέχωρη, από τα εκκλησιαστικά δόγματα, ότι τόσο οι ιδέες όσο και η ύλη είναι αιώνιες, ότι υπάρχει παλιγγενεσία των ψυχών, ότι ισχύει το «ουδέν εξ ουδενός» των Εθνικών φιλοσόφων και δεν υπάρχει εκ του μηδενός δημιουργία και ότι τα θαύματα πρέπει να απορρίπτονται ως αντικείμενα στους φυσικούς νόμους. Είχε την άποψη ότι η κλασική θρησκευτική και η παράδοση της διανόησης παρέχουν ό,τι χρειάζεται —και περισσότερα— ο άνθρωπος να γνωρίζει και να κατέχει ως προς τον χριστιανισμό.
Παρόλα αυτά, πίστευε ότι για να γίνουν δεκτές οι εξ αποκαλύψεως χριστιανικές αλήθειες θα έπρεπε να εναρμονισθούν πρώτα προς τις αρχές του φιλοσοφικού συστήματος που εισηγούνταν με την βοήθεια των φιλοσοφικών συλλογισμών. Όπως και ο Ψελλός, όσον αφορά τα διαλεκτικά και λογικά ζητήματα ακολουθούσε τον Αριστοτέλη, ενώ ως προς τα μεταφυσικά τις αντιλήψεις του Πλάτωνα. Ο Ιταλός τελικά μπορεί να χαρακτηριστεί ως ένας πρόδρομος του σχολαστικισμού, με την έρευνα της επίλυσης των δογματικών ζητημάτων μόνο διά του λογικού.
Ο Γεώργιος Γεμιστός Πλήθων προσπάθησε ν’ αναστήσει τον παλαιό Ελληνικό βίο. Το αποτέλεσμα ήταν το έργο του «Νόμων Συγγραφή» να μη σώζεται ολόκληρο γιατί κάηκε έπειτα από απόφαση του Σχολάριου μόλις αυτός έγινε πατριάρχης.
Ένθερμος υπερασπιστής της φυσικής και πολιτισμικής συνέχειας του Ελληνισμού («εσμέν Έλληνες το γένος, ως η τε φωνή και η πάτριος παιδεία μαρτυρεί»), βαθύς γνώστης του πλατωνισμού, συνέθεσε πολλούς ύμνους προς τους αρχαιοελληνικούς Θεούς, συγκρότησε τον φιλοσοφικο-λατρευτικό «κύκλο» του Μυστρά. Το 1438-9 συνέγραψε στην Φλωρεντία το «Περί ων Αριστοτέλης προς Πλάτωνα διαφέρεται» που επηρέασε σημαντικά τους Ιταλούς λογίους και υπέσκαψε τα θεμέλια του Σχολαστικισμού. Το έργο “Ζωροαστρείας τε και Πλατωνικών δογμάτων συγκεφαλαίωσις” μας διασώθηκε από το Βησσαρίωνα.
Προς το τέλος της ζωής του το Magnum Opus του «Περί νόμων». Επί του τελευταίου έργου άνοιξε σπουδαία συζήτηση με τον πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο, ο οποίος υποστήριξε αριστοτελικές απόψεις. Ο Πλήθων αντίθετα συνέρραψε πλατωνικές απόψεις μαζί με άλλες των στωικών (π.χ. Ειμαρμένη), του Ζωροάστρη (π.χ. πολυθεϊσμός) και δικές του, καταλήγοντας σε μια πολιτική και κοινωνική αναδιοργάνωση, από την οποία θα προέκυπτε μια πολιτεία βασισμένη σε μεταρρυθμισμένη εκδοχή του αρχαιοελληνικού πολυθεϊσμού, και στην οποία οι άνθρωποι «κάλλιστα τε και άριστα βιώεν, και εις όσον οίον τε ευδαιμονέστατα».
Μετά τον θάνατό του, η σύζυγος του δεσπότη του Μυστρά Δημήτριου Παλαιολόγου Θεοδώρα θεώρησε σωστό να παραδώσει το χειρόγραφο «Περί νόμων» στο Γεννάδιο Σχολάριο. Αυτός αφού το διάβασε, δεν το αντέκρουσε, όπως είχε αρχικά πει, αλλά το έκαψε δημόσια, καθώς το θεώρησε «ειδωλολατρικό» και «σατανικό», που περιείχε όπως έγραψε «τα σαπρά των Ελλήνων ληρήματα». Κάλεσε μάλιστα όσους κατέχουν αντίγραφα, να τα καταστρέψουν και αυτά. Παρά ταύτα, έχουν σωθεί από αντιγραφές κάποια αποσπάσματα του έργου αυτού, χάρη σε αντιγραφή του μαθητή του Δημήτρη Ραούλ Καβάκη. Αποσπάσματα παρέθεσε στο έργο του “Γεννήθηκα στο 1402” ο Παναγιώτης Κανελλόπουλος όταν εκδόθηκε το 1957. Από τα 101 κεφάλαια του σώθηκαν μόλις 15. Δεν διασώθηκαν αυτά για την μετεμψύχωση (“περί αθανασίας ψυχής της ανθρωπίνης”) ούτε το “περί της αϊδιότητος (αφθαρσίας, αιωνιότητας) του παντός”.
Η διαμάχη της Καθολικής Εκκλησίας με τους εκπροσώπους της επιστήμης κατά τον Μεσαίωνα είναι γνωστή, κομβικό δε σημείο υπήρξε η θέση του Ήλιου και της Γης στο σύμπαν. Πώς είναι δυνατόν βιβλικά χωρία όπως: «και γαρ εστερέωσε την οικουμένην ήτις ου σαλευθήσεται» (Ψαλμοί 93:1), «και ανατέλλει ο ήλιος και δύει ο ήλιος και τις τον τόπον αυτού έλκει» (Εκκλησιαστής, 1:5), «εποίησε σελήνην εις καιρούς, ο ήλιος έγνω την δύσιν αυτού» (Ψαλμός 104: 19), που είναι ο λόγος του Θεού, να μην λένε την αλήθεια; Αξιωματικά, η θεωρούμενη θεόπνευστη Παλαιά Διαθήκη είναι η θεωρητική βάση πάνω στην οποία θα υποδουλώνονται η έρευνα και η ελεύθερη σκέψη.
Η αποδεκτή θεωρία από την Καθολική Εκκλησία ήταν αυτή του Κλαύδιου Πτολεμαίου που έλεγε ότι η Γη ήταν ακίνητη, βρισκόταν στο κέντρο του σύμπαντος, ενώ ο Ηλιος και τα άλλα ουράνια σώματα περιστρέφονταν γύρω της.
Ο Αρίσταρχος ο Σάμιος απέδειξε ότι η Γη κινείται γύρω από τον άξονά της και μαζί με τους άλλους πλανήτες κινείται και γύρω από τον Ηλιο. Ο Αρίσταρχος ο Σάμιος (310 π.κ.ε. – 230 π.κ.ε.) ήταν Έλληνας αστρονόμος και μαθηματικός, που γεννήθηκε στην Σάμο. Είναι ο πρώτος επιστήμονας ο οποίος πρότεινε το ηλιοκεντρικό μοντέλο του Ηλιακού Συστήματος, θέτοντας τον Ήλιο και όχι την Γη, στο κέντρο του γνωστού Σύμπαντος. Οι ιδέες του περί Αστρονομίας φαίνεται να μην είχαν γίνει αρχικά αποδεκτές και θεωρήθηκαν κατώτερες από εκείνες του Πτολεμαίου. Δύο χιλιάδες (2000) χρόνια μετά, ο Κοπέρνικος στηριζόμενος στις θεωρίες του Αρίσταρχου, όπως ο ίδιος επισημαίνει στην εισαγωγή του έργου του, υιοθέτησε το ηλιοκεντρικό σύστημα, όπως το γνωρίζουμε σήμερα.
Η μοναδική εργασία του Αρίσταρχου η οποία έχει διασωθεί μέχρι σήμερα, «Περί μεγεθών και αποστημάτων Ηλίου και Σελήνης», βασίζεται σε γεωκεντρικό μοντέλο, καθώς είτε είναι προγενέστερο των απόψεών του περί ηλιοκεντρισμού, είτε χρησιμοποιεί το αποδεκτό για την εποχή του σύστημα σε μια εργασία που αφορά αποκλειστικά τις μετρήσεις των αποστάσεων του Ήλιου και της Σελήνης από την Γη και όχι το σύστημα που συμμετέχουν. Παρόλα αυτά, γνωρίζουμε από διάφορες παραπομπές ότι ο Αρίσταρχος είχε γράψει ένα άλλο βιβλίο στο οποίο πρότεινε την εναλλακτική υπόθεση του ηλιοκεντρικού μοντέλου.
Ο Αρχιμήδης στο έργο του Ψαμμίτης έγραψε:
Κατέχεις δέ, διότι καλεῖται κόσμος ὑπὸ μὲν τῶν πλείστων ἀστρολόγων ἃ σφαῖρα, ἇς ἐστὶ κέντρον μὲν τὸ τᾶς γᾶς κέντρον, ἁ δὲ ἐκ τοῦ κέντρου ἴσα τὰ εὐθεῖα τὰ μεταξὺ τοῦ κέντρου τοῦ ἁλίου καὶ τοῦ κέντρου τᾶς γᾶς ταῦτα γὰρ ἐν ταῖς γραφομέναις παρὰ τῶν ἀστρολόγων δείξεσι διακούσας.
Ἀρίσταρχος δὲ ὁ Σάμιος ὑποθεσίων τινῶν ἐξέδωκεν γραφάς, ἐν αἷς ἐκ τῶν ὑποκειμένων συμβαίνει τὸν κόσμον πολλαπλάσιον εἶμεν τοῦ νῦν εἰρημένου. Ὑποτίθεται γὰρ τὰ μὲν ἀπλανέα τῶν ἄστρων καὶ τὸν ἄλιον μένειν ἀκίνητον, τὰν δὲ γᾶν περιφέρεσθαι περὶ τὸν ἄλιον κατὰ κύκλου περιφέρειαν, ὅς ἐστιν ἐν μέσῳ τῷ δρόμῳ κείμενος, τὰν δὲ τῶν ἀπλανέων ἄστρων σφαῖραν περὶ τὸ αὐτὸ κέντρον τῷ ἀλίω κειμέναν τῷ μεγέθει τηλικαύταν εἶμεν, ὥστε τὸν κύκλον, καθ’ ὂν τὰν γᾶν ὑποτίθεται περιφέρεσθαι, τοιαύταν ἔχειν ἀναλογίαν ποτὶ τὰν τῶν ἀπλανέων ἀποστασίαν, οἵαν ἔχει τὸ κέντρον τᾶς σφαίρας ποτι τᾶν ἐπιφάνειαν. Ἐκδεκτέον δὲ τὸν Ἀρίσταρχον διανοεῖσθαι τόδε ἐπειδὴ τὰν γᾶν ὑπολαμβάνομες ὥσπερ εἶμεν τὸ κέντρον τοῦ κόσμου, ὂν ἔχει λόγον ἁ γᾶ ποτὶ τὸν ὑψ’ ἁμῶν εἰρημένον κόσμον, τοῦτον ἔχειν τὸν λόγον τὰν σφαῖραν, ἐν ᾇ ἐστιν ὁ κύκλος, καθ’ ὂν τὰν γὰν ὑποτίθεται περιφέρεσθαι, ποτὶ τᾶν τῶν ἀπλανεων ἄστρων σψαίραν τάς γὰρ ἀποδείξιας τῶν φαινομένων οὕτως ὑποκειμένῳ ἐναρμονίζει, καὶ μάλιστα φαίνεται τὸ μέγεθος τᾶς σφαίρας, ἐν ᾇ ποιεῖται τὰν γᾶν κινουμέναν, ἴσον ὑποτίθεσθαι τῷ ὑφ’ ἁμῶν εἰρημένῳ κόσμῳ.
(Συ βασιλιά Γέλων γνωρίζεις ότι ο κόσμος είναι το όνοµα που δίνουν οι περισσότεροι αστρονόμοι σε μία σφαίρα, που στο κέντρο της βρίσκεται η Γη και ότι η ακτίνα της σφαίρας αυτής είναι ίση προς την απόσταση μεταξύ του Ήλιου και της Γης. Αυτή είναι η εξήγηση την οποία δίνουν οι αστρονόμοι. Αλλά ο Αρίσταρχος έγραψε ένα βιβλίο, που περιέχει ορισµένες προτάσεις, από τις οποίες συµπεραίνεται ότι ο πραγµατικός κόσµος είναι πολύ μεγαλύτερος. Πιστεύεται ότι οι απλανείς αστέρες και ο Ήλιος είναι ακίνητοι, ότι η Γη κινείται γύρω από τον Ήλιο σε κυκλική τροχιά, που στο κέντρο της βρίσκεται ο Ήλιος. Ακόµη ότι η σφαίρα των απλανών αστέρων, που βρίσκεται στο ίδιο με τον Ήλιο κέντρο, είναι τόσο μεγάλη, ώστε ο κύκλος γύρω από τον οποίο περιστρέφεται η Γη απέχει από τους απλανείς αστέρες, όσο απέχει το κέντρο μιας σφαίρας από την επιφάνεια της… Ο Αρίσταρχος δηλαδή εννοεί το εξής: αφού πιστεύουμε ότι η Γη είναι, ας πούµε, το κέντρο του κόσμου, η σχέση της Γης προς εκείνο που ονομάζουμε «κόσμο» είναι ίση προς τη σχέση της σφαίρας, που περιέχει τον κύκλο πάνω στον οποίο διατείνεται ότι περιστρέφεται η Γη, προς τη σφαίρα των απλανών αστέρων.)
Χρόνια αργότερα ο Ιταλός φιλόσοφος Τζορντάνο Μπρούνο βεβαίωνε ότι το σύμπαν είναι άπειρο και βρίσκεται σε διαρκή κίνηση. Η διδασκαλία του, όμως, έβαζε σε αμφισβήτηση την μοναδικότητα της ενανθρώπισης του υιού του θεού. Η χριστιανική εκκλησία καταδίωξε τον Μπρούνο, που έπεσε στα χέρια της Ιεράς Εξέτασης, έμεινε εφτά χρόνια στην φυλακή, αρνήθηκε να απαρνηθεί τις απόψεις του και κάηκε στην Ρώμη το 1600.
Ο Μπρούνο υποστήριζε την απειρία του Σύμπαντος, την ύπαρξη πολλαπλών κόσμων, και την ηλιοκεντρική θεωρία. Υποστήριζε πως η ενοποιός ουσία των πάντων είναι ο θεός, αλλά αρνιόταν την θεϊκή υπόσταση του Ιησού. Θεωρεί πως η θρησκεία είναι μέσο καθοδήγησης των αμαθών. Από το 1584 (στο La Cena de le Ceneri), ο Μπρούνο εγκαταλείπει την κοσμολογία του Αριστοτέλη, για αυτήν του Αρίσταρχου ου Σάμιου (1543), στην οποία οι πλανήτες κινούνται γύρω από τον άξονά τους καθώς και γύρω από τον Ήλιο. Ο Μπρούνο μάλιστα πηγαίνει την θεωρία παραπέρα, εγκαταλείποντας την ιδέα του κέντρου.
«Δεν υπάρχει κανένα άστρο στο κέντρο του σύμπαντος, διότι το σύμπαν εκτείνεται προς όλες τις κατευθύνσεις με τον ίδιο τρόπο. Κάθε αστέρι είναι ένας ήλιος σαν το δικό μας, και γύρω από το καθένα από αυτά τα αστέρια περιστρέφονται άλλοι πλανήτες, αόρατοι στα μάτια μας, αλλά υπάρχουν. Συνεπώς, υπάρχουν αναρίθμητοι ήλιοι και άπειρος αριθμός Γαιών που περιστρέφονται γύρω από αυτούς τους ήλιους, σαν τις επτά Γαίες, η Γη, η Σελήνη, και οι πέντε τότε γνωστοί πλανήτες: ο Ερμής, η Αφροδίτη, ο Άρης, ο Δίας, ο Κρόνος που βλέπουμε να περιστρέφονται γύρω από τον κοντινό μας ήλιο.» Giordano Bruno, De l’infinito universo et Mondi, 1584.
Καταδικάστηκε από την Ιερά Εξέταση, η καταδικαστική απόφαση, η οποία οδήγησε τον Τζορντάνο Μπρούνο στην πυρά, εκδόθηκε από τον καρδινάλιο Ρομπέρτο Μπελλαρμίνο (Roberto Bellarmino) (1542-1621) το 1600.
Η χριστιανική εκκλησία καταδίωξε επίσης και τον Γαλιλαίο, (1564 – 1642) ο οποίος άρχισε να εξετάζει τον Ουρανό με τηλεσκόπιο. Αρχικά στις 16 Φεβρουαρίου 1616 με την απειλή ποινής από την Ιερά Εξέταση τον ανάγκασαν να ανακαλέσει, του απαγόρεψαν να μιλάει και να γράφει για την περιστροφή της Γης, τον περιόρισαν στο σπίτι του ελέγχοντας όλες τις κινήσεις του και απομονώνοντάς τον.
Η θεωρία του Γαλιλαίου -και των υπόλοιπων επιστημόνων- κλόνιζε την ιδεολογική θωράκιση του χριστιανισμού, γιατί πώς συνδυάζεται η θεωρία της κίνησης της Γης με το χριστιανικό δόγμα της ανάληψης του Χριστού στον ουρανό; Η Γραφή έλεγε ότι Ουρανός και Γη είχαν δημιουργηθεί για χάρη του ανθρώπου. Πώς μπορούσε να ισχύει αυτό αν η Γη δεν ήταν παρά ακόμα ένας πλανήτης που περιστρεφόταν γύρω από τον ήλιο;
Ο Γαλιλαίος με το τηλεσκόπιο δικής του κατασκευής παρατήρησε πρώτος τους κρατήρες, τα όρη και τις πεδιάδες στην επιφάνεια της Σελήνης. Ανακάλυψε ότι η Σελήνη στρέφει πάντα προς την Γη το ίδιο ημισφαίριό της. Παρατήρησε τις ηλιακές κηλίδες, τον δακτύλιο του Κρόνου, αποκάλυψε την αστρική φύση του Γαλαξία μας και απέδειξε την ισχύ της ηλιοκεντρικής θεωρίας, παρατηρώντας τις φάσεις της Αφροδίτης και ανακαλύπτοντας 4 από τους δορυφόρους του Δία, την Ιώ, την Ευρώπη, τον Γανυμήδη και την Καλλιστώ τους οποίους ονόμασε Άστρα των Μεδίκων, προς τιμή του προστάτη του, Κόσιμο Β’ των Μεδίκων.
Οι παρατηρήσεις του αυτές αποτέλεσαν την αρχή του τέλους για την πεποίθηση, που υποστηριζόταν μέχρι τότε από το εκκλησιαστικό και επιστημονικό κατεστημένο, πως το Σύμπαν είναι τέλεια πλασμένο και πως η Γη είναι στο κέντρο του Σύμπαντος και αποτελεί μοναδικότητα: οι κρατήρες της Σελήνης και οι κηλίδες του Ήλιου, καθώς και το γεγονός ότι τέσσερα σώματα περιστρέφονταν γύρω από έναν άλλο πλανήτη, το Δία, αποτέλεσαν αποδείξεις για το αντίθετο. Ο Γαλιλαίος δεν τα βρήκε ότι οι παλίρροιες προκαλούνταν από τους ωκεανούς που φούσκωναν κατά την περιφορά της Γης γύρω από τον Ήλιο.
“Δεν νιώθω υποχρεωμένος να πιστέψω πως ο ίδιος Θεός που μας προίκισε με αισθήσεις, λογική και πνεύμα, μας προόριζε να απαρνηθούμε την χρήση τους και με κάποιους άλλους τρόπους να μας δώσει τις γνώσεις που μπορούμε να αποκτήσουμε μέσω αυτών” Γαλιλαίος
Ο Αγγλος φιλόσοφος Ρότζερ Μπέικον δίδασκε ότι βάση της αληθινής επιστήμης πρέπει να είναι το πείραμα και τα μαθηματικά. Ο Μπέικον δίδασκε την αποδέσμευση από τις αυθεντίες και την αναζήτηση της αλήθειας με την έρευνα. Θαύμαζε τους Έλληνες φιλόσοφους, διατηρώντας όμως ανεξαρτησία γνώμης. Θεωρούσε τα μαθηματικά ως την βάση των επιστημών και την εμπειρία ως αναγκαία προϋπόθεση κάθε γνώσης, κάτι που τον κατατάσσει στους προδρόμους της σύγχρονης επιστημονικής μεθόδου. Διέκρινε δε την εμπειρία σε εμπειρία των αισθήσεων (εξωτερική) και σε εσωτερική (πνευματική) εμπειρία. Η εξωτερική ήταν απαραίτητη για την ανάπτυξη των επιστημών. Η δεύτερη, η πνευματική εμπειρία, ήταν η προϋπόθεση της ανόδου των βαθμίδων της αντίληψης των υπεραισθητών. Ο ανερχόμενος μέχρι τέλους την κλίμακα αυτή θα έφτανε στη ενόραση του θείου.
Ο Μπέικον ασχολήθηκε με όλους τους τομείς της γνώσης. Επιδόθηκε στην αστρονομία, γλωσσολογία, αλχημεία, ιδιαίτερα στην οπτική, διόρθωσε το Ιουλιανό ημερολόγιο και σε αυτόν αποδίδονται οι εφευρέσεις του μεγεθυντικού φακού και του θερμομέτρου. Στην επιστολή του De secretis operibus οραματίζεται αυτοκίνητα και αεροπλάνα. Το 1277 ο πάπας Νικόλαος Ε’ τον καταδίκασε για τις καινοτομίες του και τον φυλάκισε για 14 χρόνια. Ο Μπέικον βγήκε από την φυλακή πολύ μεγάλος και πέθανε πολύ γρήγορα καταβεβλημένος ενώ βρισκόταν σε κατ’ οίκον περιορισμό.
Το 12 αι. έζησε ένας από τους μεγαλύτερους φιλοσόφους του μεσαίωνα, ο Αβερρόης (1126 – 1198) Abū l-Walīd Muhammad ibn Ahmad ibn Muhammad ibn Rushd.
Τον περιορισμένης αντίληψης θρησκευτικό φανατισμό που στην εποχή του, βάρυνε όχι μόνο τους χριστιανούς αλλά και τους μουσουλμάνους καθώς και τους εβραίους.
Το πνεύμα της αντιζηλίας και του φθόνου μεταξύ των εκκλησιαστικών παραγόντων, ένα φαινόμενο που παρατηρείται από την αρχαιότητα μέχρι και σήμερα.
Την τότε κατάσταση της αραβοκρατούμενης σημερινής Ισπανίας που ήταν χωρισμένη σε αντιμαχόμενα αραβικά Βασίλεια, που συγκλονίζονταν από εσωτερικές κομματικές ή δυναστικές συρράξεις και εναντίον των οποίων οι καθολικοί ηγεμόνες της Δύσης επιχειρούσαν συνεχείς επιδρομές.
Κάτω απ΄ αυτές τις συνθήκες έλαμψε πράγματι ο αραβικός πολιτισμός όπου και ανατράφηκε ο Αβερρόης με πρώτο δάσκαλο τον πατέρα του Ροσντ που ήταν «καδής» (= αρχιδικαστής) στην Καρδούη (Κόρδοβα) που φρόντισε να δώσει στον γιο του επιφανείς δασκάλους μεταξύ των οποίων και ο περίφημος Ιμπν Τζοχάρ ή Αβενζοάρη.
Στον Αβερρόη (όπως και στον Αβικέννα) οφείλεται κυρίως η διάσωση ιδεών και πολλών γραπτών της αρχαίας φιλοσοφίας. Έγραψε ιατρική εγκυκλοπαίδεια και σχόλια για σχεδόν όλα τα έργα του Αριστοτέλη. Η επιρροή του στον χριστιανικό σχολαστικισμό του μεσαίωνα είναι σημαντική. Τον 13ο αιώνα τα έργα του μεταφράστηκαν στα εβραϊκά.
Ο Ibn Rushd κατά την περίοδο 1179-81 έγραψε τέσσερα σημαντικά έργα:
- Desicive Treatise
- al-Kashf ‘an al-manahij (Επεξήγηση των Ειδών Απόδειξης στα Δόγματα της Θρησκείας)
- Danima (Ευρετήριο της Θείας Γνώσης)
- Τahafut at-Tahafut (Η Ασυναρτησία της Ασυναρτησίας), μια απάντηση στο έργο του al-Ghazali, Tahafut al-Falasifa (=Η Ασυναρτησία των Φιλοσόφων)
Τα Μεγάλα Σχόλια θεωρούνται όψιμα έργα του και συνιστώνται από το σύνολο του αριστοτελικού κειμένου χωρισμένο σε ενότητες ακολουθούμενες από λεπτομερή σχόλια. Θεωρείται ότι εμπεριέχουν την ώριμη σκέψη του Ibn Rushd. Το πρώτο από τα Μεγάλα Σχόλιά του είναι τα “Αναλυτικά Ύστερα” (Posterior Analytics) που γράφτηκε μεταξύ του 1180-3. Ακολουθούν το “Περί ψυχής” (De Anima), γράφτηκε πιθανόν το 1186. Έπειτα τα “Φυσικά” (Physics) το 1186, το “Περί Ουρανού” (De Caelo) το 1188, τα “Μετά τα Φυσικά” (Metaphysics) το 1190. Ο Ibn Rushd υποστήριζε ότι η αλήθεια, όχι αγκιστρωμένη per accidens στις μεθόδους της πειθούς και της διαλεκτικής, αλλά στην καθαρή της μορφή ως per se βρίσκεται στα «αποδεικτικά» έργα του δηλαδή στα φιλοσοφικά έργα και ειδικότερα στα σχόλιά του στον Αριστοτέλη όπου βασικός του στόχος ήταν να απαρτίζονται από φιλοσοφικές αποδείξεις.
Ο μουσουλμανικός κλήρος κατηγόρησε τον Αβερρόη για αθεΐα και γιατί πρόβαλλε την Ελληνική φιλοσοφία σε βάρος της μωαμεθανικής ορθοδοξίας. Ο Αβερρόης εξορίστηκε από την Κόρδοβα και τα έργα του κάηκαν. Ο πάπας, στην συνέχεια, αφόρισε τον Αβερρόη (το 1240 και το 1513) και η καθολική εκκλησία καταδίωξε σκληρά τους οπαδούς του.
Ο Βέλγος Ανδρέας. Βεσάλ (16ος αι.) θεμελίωσε την επιστήμη της ανατομίας. Με βάση την ανατομία των πτωμάτων έγραψε το μεγάλο έργο «Για την κατασκευή του ανθρώπινου σώματος».
Όπως είναι γνωστό, τόσο κατά την αρχαιότητα, όσο και κατά τον μεσαίωνα ήταν αυστηρά απαγορευμένη η διενέργεια νεκροτομής στα ανθρώπινα πτώματα, για λόγους θρησκευτικούς. Έτσι οι Ιατροί κι άλλοι επιστήμονες, ήσαν αναγκασμένοι να αρκούνται στις έρευνές των στην νεκροτομή πτωμάτων ζώων και σκεπτόμενοι κατ΄ αναλογίαν, εξήγαγαν συμπεράσματα σχετικά με την ανατομία του ανθρωπίνου σώματος. Όπως είναι γνωστόν στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου έζησε και έδρασε περί το 300 π. κ.ε. ο σπουδαίος Ιατρός Ηρόφιλος (Χαλκηδών Βιθυνίας περίπου το 430 π. κ.ε. – Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου περίπου 360 π. κ.ε.), ο οποίος θεωρείται σε σπουδαιότητα τρίτος, ήτοι μετά τον Ιπποκράτη τον Κώο και τον Γαληνό τον Περγαμηνό.
Λέγεται ότι ο Ηρόφιλος, με άδεια του Πτολεμαίου, μπόρεσε να διενεργήσει νεκροτομές σε ανθρώπινα πτώματα και να δημοσιεύσει τα συμπεράσματα από τις σχετικές έρευνες. Όμως εξ αιτίας της πυρπολήσεως του ναού της Ειρήνης στην Ρώμη και της Βιβλιοθήκης της Αλεξάνδρειας της Αιγύπτου, όταν κατέλαβαν την πόλη οι Άραβες, τα βιβλία του Ηρόφιλου δεν διατηρήθηκαν. Ο σπουδαίος αρχαίος Έλληνας Ιατρός Ιπποκράτης ο Κώος (Κως 460 π. κ.ε. – 377 π.κ.ε. ) και στην συνέχεια ο Γαληνός ο Περγαμηνός (Πέργαμος Μικράς Ασίας 129 μ.κ.ε. – Ρώμη 199 μ.κ.ε), γνώριζαν αρκετά καλά την δομή του ανθρωπίνου σώματος, αλλά φαίνεται, ότι οι έρευνές των στηρίζονταν κυρίως σε παρατηρήσεις επί πτωμάτων ζώων, στα οποία είχαν διενεργήσει νεκροτομή.
Ο Γαληνός προχώρησε πάρα πολύ, περιέγραψε αρκετά καλά την δομή του το ανθρώπινου σώματος και ειδικότερα την κυκλοφορία του αίματος. Διέγνωσε ότι η καρδιά ενεργεί ως ένα υδραυλικό σύστημα και αποτελεί το βασικό όργανο της κυκλοφορίας του αίματος. Πρώτος αυτός διέκρινε τις αρτηρίες και τις φλέβες, καθώς και τα τριχοειδή αγγεία και ανακάλυψε, ότι σε αυτά ρέει αίμα και όχι αέρας, όπως επιστεύετο παλαιότερα. Ήταν ευνόητο, ότι επειδή οι έρευνές του στηρίζονταν κυρίως στην μελέτη πτωμάτων ζώων, σε ορισμένα σημεία να περιέπεσε σε λάθη. Όμως οι Ιατροί της Ευρώπης μέχρι και τον 16ον αι. μ.κ.ε. στηρίζονταν κυρίως στις περιγραφές και στα συμπεράσματα του Γαληνού.
Ο Ανδρέας Βεσάλιος, σπουδαίος Φλαμανδός Ιατρός και θεμελιωτής της νεότερης Επιστήμης της Ανατομίας, ανέταμε ανθρώπινα πτώματα, περιέγραψε με ακρίβεια την δομή του ανθρωπίνου σώματος, διόρθωσε και συμπλήρωσε τις παρατηρήσεις του Γαληνού και έθεσε τις βάσεις της Επιστήμης της Ανατομίας. Ομως συνάντησε μεγάλη αντίδραση από ομοτέχνους του και άλλους και αναγκάσθηκε να εγκαταλείψει τις Βρυξέλλες και να έλθει στην Ισπανία, ως Ιατρός της αυλής του εκεί βασιλέως.
Δυστυχώς και εκεί αντιμετώπισε πολλές δυσκολίες. Ειδικότερα κατά την νεκροτομή ανθρωπίνου πτώματος για ερευνητικούς λόγους, άνοιξε τον θώρακα του νεκρού και τότε διαπιστώθηκε, ότι η καρδιά του έπαλε ακόμη. Οι συγγενείς του νεκρού θεώρησαν τότε, ότι ο Ανδρέας Βεσάλιος διά του τρόπου αυτού έγινε η αιτία του θανάτου του μέλους της οικογενείας των, του υπέβαλαν μήνυση και το δικαστήριο της Ιεράς Εξέτασης του επέβαλε την τιμωρία να καεί ζωντανός.
Με την επέμβαση του τότε βασιλέως της Ισπανίας, η ποινή αυτή μετετράπη σε προσκύνημα στα Ιεροσόλυμα. Ο Α. Βεσάλιος πραγματοποίησε το προσκύνημα αυτό στους Αγίους Τόπους του χριστιανισμού, όμως κατά την επιστροφή του, το πλοίο στο οποίο επέβαινε ναυάγησε πλησίον της παραλίας της Ζακύνθου, των Ιονίων νήσων. Ο Α. Βεσάλιος εσώθηκε μεν, αλλά όντας ήδη άρρωστος και ταλαιπωρημένος από το ταξίδι απεβίωσε στην Ζάκυνθο σε ηλικία 50 ετών και ετάφη εκεί. Η ημερομηνία θανάτου του με το νέο ημερολόγιο είναι η 15 Οκτωβρίου 1564.
Σε κεντρική πλατεία της πόλεως της Ζακύνθου έχει μνημείο, προς τιμή του Ιατρού και Ανατόμου Ανδρέα Βεσάλιου Αυτό περιλαμβάνει: α) Προτομή του Α. Βεσάλιου από λευκόχρωμο μάρμαρο, με επιγραφή, που αναφέρει τόπο γεννήσεως και ημερομηνία γεννήσεως και θανάτου αυτού και β) ένα άγαλμα από χαλκό, το οποίο παριστάνει ολόσωμο πτώμα ανδρός σε φυσικό μέγεθος, με όλες τις ανατομικές λεπτομέρειες αυτού.
Ο Ρενέ Ντεκάρτ μελέτησε κυρίως τα μαθηματικά και τη φυσική αλλά επεκτάθηκε, επίσης, σε ζητήματα φυσιολογίας και ψυχολογίας. Θεωρείται σταθμός στην ιστορία της φιλοσοφίας, καθώς φέρεται ως δάσκαλος και ταυτόχρονα θύμα του Διαφωτισμού. Αναφέρεται συχνά ως εκείνος που συνέλαβε την πιο ακραία μορφή σκεπτικισμού. Προσπάθησε και κατόρθωσε να απεγκλωβίσει την φιλοσοφία από τον σχολαστικισμό, να αποκαταστήσει την εμπιστοσύνη στις νοητικές δυνάμεις του ανθρώπου και να απελευθερώσει το ανθρώπινο πνεύμα από την αυθεντία του παρελθόντος.
Υπήρξε μια από τις σημαντικότερες μορφές του ηπειρωτικού-ευρωπαϊκού ορθολογισμού. Οι ιδέες του, όμως, έγιναν στόχος του εμπειρισμού που επικράτησε μακροπρόθεσμα. Αλλά και οι βασικές ιδέες του λειτούργησαν σε πείσμα των προθέσεών του. Θέτοντας τα όρια μεταξύ πνευματικού και υλικού κόσμου και αντιμετωπίζοντάς τον ως επαρκές και αυτόνομο αντικείμενο μελέτης, βοήθησε στην επικράτηση του υλισμού έναντι της πνευματοκρατίας.
Υλιστές του 18ου αιώνα όπως ο Ντήτριχ Χόλμπαχ (Dietriech von Holbach, 1723–89) και ο εγκυκλοπαιδιστής Ντενί Ντιντερό, χρησιμοποίησαν την γεωμετρική αντίληψη του θεού που αποσύρεται μετά την δημιουργία. Συνδυάζοντας την άποψή του με την μηχανιστική ερμηνεία του ζωικού βασιλείου, προώθησαν την υλιστική θεώρηση του κόσμου. Το 1633, μετά την καταδίκη του Γαλιλαίου, ματαιώνει την έκδοση του έργου του «Ο κόσμος». Το 1641 απαγορεύεται η διδασκαλία των έργων του στα κολέγια των Ιησουιτών.
Χριστιανισμός και Ελλάδα
Η εκκλησία της Ελλάδας παρουσίασε τα ίδια στοιχεία του συντηρητισμού, της μισαλλοδοξίας και του σκοταδισμού. Οι θετικές επιστήμες, τα μαθηματικά, η φυσική, η χημεία, ήταν απαγορευμένα για τους μαύρους ρασοφόρους ως πηγή αθεΐας.
Το έτος 1819 το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέδωσε «πατριαρχική εγκύκλιο» για την ανάσχεση της διάδοσης των φυσικομαθηματικών επιστημών με τίτλο «Περί της σημερινής κατάστασης των κοινών του γένους μας ελληνομουσείων (=σχολείων)» και κάλεσε πατριαρχική σύνοδο με στόχο «την καθαίρεσιν των φιλοσοφικών (=φυσικομαθηματικών) μαθημάτων». Από την σύνοδο που συνήλθε τον Μάρτιο του 1821, μόλις λίγες ημέρες πριν από την έκρηξη της Επανάστασης, εξεδόθη κείμενο κατά των Μαθηματικών, της Φυσικής και των επιστημών γενικότερα.
Το πόσο προσπάθησε να «φρενάρει» η Εκκλησία τη διάδοση των Επιστημών και των Γραμμάτων του Γένους το μαρτυρά και η «Χριστιανική Απολογία» του διευθυντή της Πατριαρχικής Σχολής της Κωνσταντινουπόλεως Αθ. Πάριου, γραμμένη στα 1800: «Μακράν η διαλεκτική σχέση. Μακράν η πολύσχημος Γεωμετρία. Μακράν η κενέμφατος Άλγεβρα. Μακράν κάθε ανθρώπινη επιστήμη και μάθησις. Εις τα εξ αποκαλύψεως δεν ζητείται απόδειξις, αλλά πίστις».
Έτσι κυνηγήθηκαν, αφορίστηκαν δάσκαλοι και επιστήμονες που ήταν φορείς της επιστήμης και της λογικής σκέψης. Η μοίρα των πρωτοπόρων του Ελληνικού Διαφωτισμού δείχνει την αντιμετώπιση που είχαν από την «εθναρχούσα εκκλησία».
Ο Μεθόδιος Ανθρακίτης (1650/60-1736) συνέβαλλε αποφασιστικά στον νέο προσανατολισμό της ελληνικής παιδείας του 18ου αιώνα. Διδάσκεται η φιλοσοφία κατά τα ευρωπαϊκά πρότυπα και τα σύγχρονα μαθηματικά για πρώτη φορά εντός ελλαδικού χώρου. Αποβλέπει στην πνευματική κατάρτιση των ιερέων και πραγματοποιεί τολμηρές ανατοποθετήσεις στη χριστιανική ηθική συμπεριφορά.
Δεν διστάζει να κρίνει με αυστηρότητα την συμπεριφορά του κλήρου και με σκληρή γλώσσα επικρίνει την κατάχρηση του αφορισμού. Ορθώνεται στους αντίποδες του Κορυδαλλέα και των Φαναριωτών που δίδασκαν στην αρχαϊζουσα που δεν απευθύνονταν στο λαό παρά μονάχα στους «σπουδαίους». Καταδικάστηκε το 1721 για τις φιλοσοφικές απόψεις του από το Πατριαρχείο και υποχρεώθηκε το έτος 1725 σε δημόσια καύση των χειρογράφων του.
Ο Ευγένιος Βούλγαρης (1716-1806) εισήγαγε στην Ελλάδα την διδασκαλία των Φυσικών Επιστημών, της νεότερης φιλοσοφίας και της λατινικής γλώσσας. Οι ιερείς επιχείρησαν να τον λιθοβολήσουν στα Ιωάννινα και τον κυνήγησαν ως άθεο.
Η φήμη του ως διανοούμενου έφερε την πρόσκληση από την αυτοκράτειρα Αικατερίνη Β’ της Ρωσίας. Την αποδέχτηκε κι έφτασε στην Μόσχα το 1771, δηλ. κατά την διάρκεια του Ρωσοτουρκικού πολέμου (1768-1774) και συναντήθηκε με τους αδελφούς Ορλόφ. Το 1775 χειροτονήθηκε ιερέας. Τον επόμενο χρόνο έγινε αρχιεπίσκοπος Σλαβωνίου και Χερσώνος στην Ουκρανία (τότε Νέα Ρωσία). Στα 12 χρόνια που έμεινε στην θέση αυτή ενίσχυσε τους ολοένα και περισσότερους Έλληνες πού έφταναν από το Νότο κι επιδίωξε την επέμβαση της Ρωσίας στα εσωτερικά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, προς όφελος των Ορθοδόξων ελληνόφωνων πληθυσμών.
Παραιτήθηκε από την αρχιεπισκοπή το 1787, εξαιτίας των συγκρούσεων του με την Σύνοδο στα ζητήματα των Ουνιτών, το προχωρημένο της ηλικίας του, η υγεία του, αλλά και η διάθεσή του να επιδοθεί απερίσπαστος στις αγαπημένες του πνευματικές ενασχολήσεις, την συγγραφή και την μετάφραση. Ορίζει διάδοχό του τον Νικηφόρο Θεοτόκη και αποσύρεται από το αξίωμά του. Την ίδια χρονιά έγινε μέλος της Αυτοκρατορικής Ακαδημίας Επιστημών της Ρωσίας. Συνέγραψε έκκληση προς την αυτοκράτειρα Αικατερίνη της Ρωσίας για την απελευθέρωση των υπόδουλων Ελλήνων, συμβάλλοντας στην έναρξη νέου νικηφόρου πολέμου (1787-1792). Αποσύρθηκε στην Πετρούπολη όπου επιδόθηκε στη συγγραφή.
Είχε την χαρά να μάθει το 1800 για την πρώτη μορφή αυτονομίας σε ελληνικό έδαφος που δόθηκε στην Επτάνησο Πολιτεία χαρακτηρίζοντάς την “Πολιτοκρατεία” (κράτος των πολιτών, μεταφράζοντας το λατινικό respublica) και “βιοδαίμων” δηλ. ελπιδοφόρος για την επιβίωση το ελληνικού έθνους. Το 1802 αποσύρθηκε στη Μονή του Αγίου Αλεξάνδρου Νιέφσκι, όπου πέθανε το 1806 σε ηλικία 90 ετών.
Ο Χριστόδουλος Παμπλέκης, λόγιος και δάσκαλος, αφορίστηκε το 1793 μετά το θάνατό του από τον πατριάρχη Νεόφυτο τον Ζ’.
Σε ηλικία 25 ετών, το Γενάρη του 1759 απογοητευμένος από την κατάσταση στην Αθωνιάδα έφυγε για την Ευρώπη. Αρχικά προσκλήθηκε στην Βιέννη όπου κι εργάσθηκε ως οικοδιδάσκαλος στην εκεί Ελληνική παροικία. Παράλληλα συνέχισε τις σπουδές του μελετώντας φιλοσοφία, θεολογία και μαθήματα θετικών επιστημών. Επόμενος σταθμός του θα είναι η Λειψία της Σαξονίας, πόλη στην οποία ασχολείται με φιλοσοφικές μελέτες και συνεχίζει την διδακτική του δράση σε στενό κύκλο μαθητών του.
Το 1781 εξέδωσε στην Βενετία το πρώτο του βιβλίο με τίτλο «Η αληθής πολιτική». Το 1786 εξέδωσε στην Βιέννη το φιλοσοφικό σύγγραμμά του με τον τίτλο «Περί φιλοσόφου, φιλοσοφίας, φυσικών, μεταφυσικών, πνευματικών και Θείων». Στο έργο του αυτό παρουσιάζει τις φιλοσοφικές θέσεις δυτικών διανοητών, όπως την νευτώνεια κοσμοαντίληψη και —κυρίως— τις ιδέες των Γάλλων Εγκυκλοπαιδιστών Ντιντερό και Ντ’αλαμπέρ, του Βρετανού Φράνσις Μπέικον και των Γάλλων φυσικών φιλοσόφων Πιερ Γκασεντί και Καρτέσιου. Το 1791 εξέδωσε νέο σύγγραμα με τίτλο “Τρόπαιον της ορθοδόξου Πίστεως”, στο οποίο κάνει συχνές αναφορές στον Βολταίρο και στο οποίο διατυπώνει την θέση ότι η αίσθηση για την ύπαρξη του θεού υπήρχε ήδη στους πρώτους ανθρώπους, κι όχι μόνο τα τελευταία 1791 χρόνια με την χριστιανική εκκλησία. Στην συνέχεια βρέθηκε στην Λειψία όπου συνέχισε να ασχολείται με φιλοσοφικές μελέτες και με την διδασκαλία. Πέθανε σε νοσοκομείο της Λειψίας στις 15 Αυγούστου του 1793. Η κηδεία του έγινε στις 4 Αυγούστου από τον ορθόδοξο ναό της πόλης.
Η διαμάχη μετά το θάνατό του και ο αφορισμός του: Ωστόσο, το γεγονός ότι το έργο του περιείχε επιχειρήματα της νεότερης μεταφυσικής για την ύπαρξη του θεού και επιχειρούσε να κριτικάρει την χριστιανική θρησκεία, είχε ήδη προκαλέσει την έντονη αντίδραση εκπροσώπων της ορθόδοξης εκκλησίας. Μέσα στο κλίμα αυτό ο Ευγένιος Βούλγαρης καταδίκασε το έργο του άλλοτε μαθητή του ως «συμπίλημα αποτρόπαιων και δύστηνων βιβλιαρίων». Λίγο πριν τον θάνατό του, στις αρχές του 1793, κυκλοφόρησε μια υβριστική σάτιρα εναντίον του με τον τίτλο «Ακολουθία ετεροφθάλμου και αντίχριστου Χριστοδούλου του εξ Ακαρνανίας», που πιθανότατα στον επίσκοπο Πλαταμώνος Διονύσιο ή κατ’ άλλους στο συγγενή του Δ. Γοβδελά από την Ραψάνη.
Ως απάντηση, οι μαθητές του δημοσίευσαν μετά τον θάνατό του το έργο του «Περί Θεοκρατίας» το οποίο ήταν ένα βιαιότατο αντικληρικό κείμενο που απέρριπτε στην βάση της την χριστιανική θρησκεία (άρνηση της θεοπνευστίας της Παλαιάς και Καινής Διαθήκης, της θεότητας του Ιησού και της τέλεσης θαυμάτων) και καταδίκαζε ως ιδιοτελή την συμπεριφορά των λειτουργών της. Το δημοσίευμα αυτό προκάλεσε την οργή της ορθοδόξου εκκλησίας με αποτέλεσμα τον μετά θάνατον αφορισμό του από τον Πατριάρχη Νεόφυτο τον Ζ’ στις 12 Νοεμβρίου του 1793. Μάλιστα το κείμενο του αφορισμού αναθεμάτιζε, εκτός από τον συγγραφέα, τους πιθανούς αναγνώστες του αλλά και τον ιερέα που έψαλλε στην νεκρώσιμη ακολουθία του Παμπλέκη. Ωστόσο, παρά την επίσημη καταδίκη του έργου του, ο Έλληνας λόγιος είχε εκτιμηθεί από σημαντικές προσωπικότητες της εποχής του, όπως μαρτυρούν οι αναφορές στο πρόσωπό του -μεταξύ άλλων και- από τους πατριάρχη Καλλίνικο Γ΄ (1791) και λόρδο Βύρωνα.
Στις 23 Οκτωβρίου του 1839 ο Θεόφιλος Καΐρης αφορίζεται από την Εκκλησία. Ο Καΐρης ανέπτυξε μία προσωπική φιλοσοφία την «Θεοσέβεια» επηρεασμένος από τους Γάλλους δεϊστές. Μία μονοθεϊστική διδασκαλία με δικές της τελετές λατρείας και αναφορές στην ισότητα και την ουσιαστική ελευθερία του ατόμου. Για αυτή του την θεωρία θεωρήθηκε αιρετικός και επικίνδυνος τόσο από την βαυαροκρατία, που έβλεπε στο πρόσωπο του έναν αφυπνιστή του λαού, όσο και από την επίσημη Εκκλησία.
Η Ιερά Σύνοδος του Βασιλείου της Ελλάδος με πρόεδρο τον Μητροπολίτη Κυνουρίας Διονύσιο ζήτησε από τον Καΐρη να προβεί σε «ομολογία πίστεως», την οποία εκείνος απέκρουσε ως καταπιεστική της συνείδησής του. Τότε η ελληνική κυβέρνηση, ενδίδοντας στις πιέσεις της Ιεράς Συνόδου, διέταξε τον αρχηγό του στόλου Κωνσταντίνο Κανάρη να πλεύσει με την ναυαρχίδα του στόλου στην Τήνο για να πάρει από εκεί το διοικητή της Τήνου και να τον πάει στην Άνδρο, ώστε μαζί με το Μητροπολίτη Άνδρου να καλέσουν ενώπιον τους τον Καΐρη.
Από εκεί μεταφέρθηκε στην Αθήνα όπου δικάστηκε από εκκλησιαστικό δικαστήριο και το οποίο, παρά την δήλωση του ότι δεν δίδασκε θεολογία αλλά φιλοσοφία («Ούτε εισηγητής, ούτε ιδρυτής νέας θρησκείας είμαι, διότι φρονώ ότι τούτο δεν είναι έργον ανθρώπου, καθόσον τα τοιαύτα είς δύναται, ο εκ του μηδενός παραγαγών το Σύμπαν. Η θεοσέβεια δεν έχει άλλον διδάσκαλον ει μη μόνον τον Θεόν, καθότι αυτή είνε απόρροία της ηθικής του Θεού επομένως, ως προείπων, ούτε καθιδρυτής είμαι της θεοσεβείας, ούτε προσηλυτιστής υπέρ αυτής»)
Με βασιλικό διάταγμα στις 28 Οκτωβρίου 1839, τέθηκε υπό περιορισμό στο μοναστήρι του Ευαγγελισμού στη Σκιάθο όπου υπόκειται σωματικά και ψυχολογικά βασανιστήρια, για να «μεταμεληθεί» και παρέμεινε επί ένα ολόκληρο χειμώνα σε ένα σκοτεινό υπόγειο και αρρώστησε βαριά. Η πολιτική και θρησκευτική ηγεσία ανησυχώντας για ενδεχόμενη κατακραυγή σε περίπτωση θανάτου του τον μετέφερε στο μοναστήρι της Θήρας όπου παρέμεινε υπό καλύτερες συνθήκες επί δύο χρόνια σε απομόνωση.
Έπειτα από την ανάγνωση της καθαίρεσης στους ναούς της επικράτειας, διέταξε την απέλασή του από την χώρα. Στις 19 Δεκεμβρίου 1839 το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέδωσε εγκύκλιο («Περί της νεωστί αναφανείσης αντιχρίστου διδασκαλίας του Θεοσεβισμού») εναντίον του Καΐρη και της διδασκαλίας του. Στις αρχές Απριλίου 1842 έφθασε στην Κωνσταντινούπολη και τόσο η Ελληνική Πρεσβεία όσο και το Οικουμενικό Πατριαρχείο πληροφορούμενα την άφιξή του, επιχειρούν να τον απομονώσουν στο πλοίο που τον μεταφέρει, ανήσυχο το δεύτερο, για την μεγάλη προσέλευση επισκεπτών στον Καΐρη. Μετά δεκαήμερης φρούρησής τους στο πλοίο, ανεχώρησε για την Αγγλία. Στο Λονδίνο έμεινε για δύο χρόνια όπου δίδαξε φιλοσοφικά μαθήματα και και την θεοσεβικήν διδασκαλίαν του.
Με την Συνταγματική Επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου 1843 ο Καΐρης, με την βοήθεια του παλαιού συμμαθητή του Ιωάννη Κωλέττη, επανήλθε στην Ελλάδα και εγκαταστάθηκε στην Άνδρο όπου συνέχισε την λειτουργία του Ορφανοτροφείου του.
Παρά τις εκθέσεις των δύο αλληλοδιαδόχων νομαρχών Κυκλάδων, Αμβροσιάδη και Ζυγομαλά, που διαβεβαίωναν ότι ο Καΐρης δεν έκανε προσηλυτισμό, ο υπουργός Δικαιοσύνης Βόλβης, στηριζόμενος σε έγγραφο της Συνόδου, διέταξε τον εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Σύρου να προβεί σε δίωξη του Καΐρη και των συνεργατών του. Ο εισαγγελέας Ν. Σιούπης άσκησε δίωξη και ο ανακριτής Σύρου Σταύρος Λογοθέτης ξεκίνησε τακτική ανάκριση που τερματίσθηκε με το από 26 Απριλίου 1852 παραπεμπτικό βούλευμα, επικυρωμένο με το 2693/1852 βούλευμα του Εφετείου Αθηνών.
Το δικαστήριο της Σύρου (με πρόεδρο τον Ι. Δοξαρά, συνέδρους τους Σταύρο Λογοθέτη, Δ.Α. Βαφειάδη, Αλέξανδρο Αλεξάνδρου και Ι. Πρεζάνη, Εισαγγελέα το Ν. Στούπη, κατηγορούμενους τους Θεόφιλο Καΐρη, Γρηγ. Δεσποτόπουλο, Σπυρ. Γλαυκωπίδη, Θ. Λουλούδη ή Μονοκόνδυλο και συνηγόρους υπερασπίσεως τον καθηγητή του Συνταγματικού Δικαίου Νικ. Ι. Σαρίπολο και τον Ιω. Παλαιολόγο) εξέδωσε την υπ’ αριθ. 181/21.12.1852 καταδικαστική απόφαση, με φυλακίσεις για όλους και ειδικότερα διετή φυλάκιση για τον Θεόφιλο Καΐρη. Ο Καΐρης, ασθενής ήδη και σε προχωρημένη ηλικία, μεταφέρθηκε στις φυλακές Σύρου, όπου λίγες μέρες αργότερα στις 13 Ιανουαρίου 1853 άφησε την τελευταία του πνοή.
Ο Κωνσταντίνος Κούμας μπορεί να μην αφορίστηκε, αλλά κυνηγήθηκε ανελέητα (1777 – 1836) υπήρξε Έλληνας διδάσκαλος του Γένους, πρωτεργάτης του νεοελληνικού διαφωτισμού, ιστορικός, φιλόσοφος και μεταφραστής λογοτεχνικών έργων. Ο Κούμας παρέμεινε διαχρονικά «ο πιστότερος και συνεπέστερος οπαδός του Κοραή», αντίπαλος της αρχαΐζουσας, την οποία θεωρεί ως τροχοπέδη στην διαφωτιστικού χαρακτήρα προσπάθεια για την πρόοδο της ελληνόφωνης εκπαίδευσης. Ο Κούμας πίστευε στον κοινωνικό χαρακτήρα της παιδείας και θεωρούσε πως στην επίτευξη αυτού του στόχου συντελεί κατά αποφασιστικό τρόπο η διδασκαλία σε μια γλώσσα περισσότερο οικείας. Για τους λόγους αυτούς ήρθε σε σύγκρουση με εκπροσώπους της αρχαϊζουσας γλώσσας όπως ο Νεόφυτος Δούκας.
Δίδαξε Ελληνικά και επιστημονικά μαθήματα στην απλοελληνική κατά τα πρότυπα των δημοτικιστών και εισάγει ως νέο μάθημα την άλγεβρα. Τον Οκτώβριο του 1798 νυμφεύεται την γυναικαδελφή του δασκάλου του Ιωάννη Πέζαρου. Έπειτα πήγε στα Αμπελάκια, όπου δίδασκαν ο Γρηγόριος Κωνσταντάς και ο Κεφαλλονίτης γιατρός Σπυρίδων Ασάνης απ’ τον οποίο έμαθε άλγεβρα. Στα 1799 ο Κούμας αποκτά μια κόρη χάνει, όμως, την γυναίκα του. Βαθύτατα λυπημένος καταφεύγει στα Αμπελάκια, όπου ασχολείται από κοινού με τον Ασάνη με την μετάφραση του έργου του Γάλλου αστρονόμου και μαθηματικού Abbe de la Caille Περί κωνικών τομών.
Βέβαια, ούτε οι Ευρωπαίοι διαφωτιστές γλίτωσαν από την μανία του ελληνικού εκκλησιαστικού μηχανισμού! Για παράδειγμα, το έτος 1776 «καταδικάστηκε» και «αναθεματίστηκε» πανηγυρικά από τον πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Σοφρώνιο Β’, ο Βολταίρος και το ίδιο επαναλήφθηκε το έτος 1793 από τον πατριάρχη Νεόφυτο Ζ’, δεκαπέντε χρόνια μετά τον θάνατο του μεγάλου διανοητή. Ο Φρανσουά Μαρί Αρουέ (François-Marie Arouet, 1694 – 1778), ευρύτερα γνωστός με το ψευδώνυμο Βολταίρος (Voltaire), ήταν Γάλλος συγγραφέας, ιστορικός και φιλόσοφος, διάσημος για το πνεύμα του, τις επιθέσεις του εις βάρος της καθολικής εκκλησίας και την υπεράσπιση της ανεξιθρησκίας, της ελευθερίας του λόγου και του διαχωρισμού εκκλησίας και κράτους. Θεωρείται κεντρική μορφή και ενσάρκωση του Διαφωτισμού του 18ου αιώνα. Υπήρξε επίσης δοκιμιογράφος και κορυφαίος εκπρόσωπος του ντεϊσμού.
Στην φιλοσοφία του, βασισμένη στον σκεπτικισμό και τον ορθολογισμό, ήταν βαθιά επηρεασμένος από το Λοκ (Locke) καθώς επίσης και από τους Montaigne και Bayle. Παρά το πάθος του για την σαφήνεια και την λογική, συχνά υπήρξε ανακόλουθος προς τον εαυτό του. Έτσι ενώ αρχικά υποστήριζε ότι η ανθρώπινη φύση ήταν τόσο αμετάβλητη όσο αυτή των ζώων αργότερα εξέφρασε την πεποίθηση για εξέλιξη και βαθμιαίο εξανθρωπισμό της κοινωνίας μέσω της δράσης των τεχνών, των επιστημών και του εμπορίου. Στην πολιτική υποστήριζε την μεταρρύθμιση αλλά ένιωθε φρίκη για την αμάθεια και τον πιθανό φανατισμό των ανθρώπων καθώς και για την βία της επανάστασης.
Όσο αφορά τη θρησκεία ο Βολταίρος θεωρούσε ότι ο χριστιανισμός ήταν μια καλή πίστη για καμαριέρες και ράφτες, αλλά για την ανώτερη τάξη πρότεινε έναν απλό θεϊσμό. Αντιτάχθηκε στον αθεϊσμό και τον υλισμό του Ελβέτιου και του Χόλμπαχ. Είναι παροιμιώδης η θέση του ότι “εάν ο Θεός δεν υπήρχε, θα έπρεπε να εφευρεθεί”, που περιέχεται σε ένα από τα ποιήματά του. Τέλος η επιρροή του Βολταίρου στην εκλαΐκευση της επιστήμης και της φιλοσοφίας του καιρού του ήταν ιδιαίτερα σημαντική. Στον Βολταίρο αποδίδεται λανθασμένα η φράση «Διαφωνώ με αυτό που λες, αλλά θα υπερασπιστώ μέχρι θανάτου το δικαίωμά σου να το λες». Στην πραγματικότητα η φράση αυτή γράφτηκε από την Evelyn Beatrice Hall στο βιογραφικό βιβλίο της The Friends of Voltaire.
