Μετά την άλωση (παράδωση) και υπό τις ευλογίες του Μωάμεθ Β΄ του κατακτητή οι αξιωματούχοι της πατριαρχικής αυλής, και ο λαός χειροτόνησαν ύπατον της εκκλησίας άρχοντα τον ανθενωτικό Γεώργιον Σχολάριον, μετονομασθέντα σε Γεννάδιον Β΄. Με τα προνόμια που παρεχώρησε ο Μωάμεθ στον πατριάρχη όπως θα διαβάσετε πιο κάτω, μπορείτε να συμπεράνετε γιατί το παπαδαριό ήθελε την παράδοση της πόλης στους Οθωμανούς. Αλλά και γιατί την επανάσταση του 21 αφόρισε o πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄. Καθώς και ο σημερινός Βαρθολομαίος έχει πει για την επανάσταση «ξεσηκώθηκαν μερικοί ξεβράκωτοι και μας χάλασαν την αρμονική συμβίωση με τους Τούρκους».
Ο Ιστορικός Κ. Παπαρρηγόπουλος γράφει. «Μεθ’ ο σουλτάνος προσεκάλεσεν τον νέον Πατριάρχην, ίνα συγγευματίσωσι και συνομιλίσωσι, και προσελθόντα υπεδέξατο μετά τιμής μεγάλης, πολλάς επαγγειλάμενος προνομίας. Ότε δε επήλθεν η ώρα του να αναχωρίση εκ των βασιλείων ο πατριάρχης, ο σουλτάνος προσέφερεν αύτω ιδία χειρί και παρεκάλεσεν αυτόν να δεχθεί δεκανίκιον χρυσούν δια λίθων πολυτίμων και μαργάρων εγκεκοσμημένων, απαραλάκτως όπως έπρατον πρότερον οι βασιλείς, ως σύμβολον της εξουσίας ην ελάμβανεν ο αρχηγός της πίστεως. ...ουδέ εβράδυνεν ο Μωάμεθ Β΄ να περιβάλη δια κύρους τας προφορικάς προς τον πατριάρχην επαγγελίας.
Δ’ αυτοκρατορικού χρυσοβούλλου, ως ήθελον ειπείν οι υμέτεροι, Βερατίου δε ως έλεγαν οι Οσμανίδαι… Δια δε του Βερατίου το οποίον κατά τους μετέπειτα χρόνους επεδίδετο εις πάντα νέον της εκκλησίας αρχηγόν, ορίζετο, ότι εις τον πατριάρχην προσήκει η υπερτάτη διοίκησις όλλων των εκκλησιών και των μοναστηρίων, ότι δύναται κατά την ιδίαν αυτού κρίσιν να καθαιρή αρχιεπισκόπους και επισκόπους, η δε Πύλη, επί τη προτάσει αυτού, εκδίδει τα προς τούτο απαιτούμενα φιρμάνια.
Ότι είναι ο ύπατος ποινικός δικαστής άπαντος του κλήρου, κατηγορηθέντος δε επισκόπου ενώπιον της Πύλης, αύτη δεν δύναται να συλάβη και να κρίνη αυτόν ειμή τη συναινέσει του πατριάρχου…
Διά του αυτού Βερατίου επιτρέπετο αυτού και ως προς τους λαϊκούς δικαστική και διοικητική δικαιοδοσία… εδικαιούτο να φορολογή χάριν των της εκκλησίας αναγκών ου μόνον τον κλήρον άλλά και τους λαϊκους και να συντηρή αστυνομικούς φύλακες…
Πας χριστιανός υποχρεούτο να διαθέτη το τρίτον της εαυτού περιουσίας υπέρ της εκκλησίας αι δε τοιαύται διαθήκαι ήσαν αναγκαστικώς εκτελεσταί ...
Η δικαιοδοσία του Πατριάρχου επεξετείνετο επί άπαν το ορθόδοξον χριστιανικόν της ανατολής πλήρωμα, ου μόνον επί τους Έλληνας αλλά και τους Αλβανούς, τους Βουλγάρους, τους Σέρβους, τους Σλαύους και τους Αρμενίους.»
Εδώ ο Ιστορικός Κ. Παπαρρηγόπουλος μας έδωσε μια εικόνα για τα σπουδαιότερα προνόμια του Πατριαρχείου. Από τον ίδιο ιστορικό μαθαίνουμε ότι οι τιτλούχοι χριστιανοί αν ασπάζονταν τον Ισλαμισμό ο σουλτάνος τους τοποθετούσε στις ανώτερες θέσεις του κράτους του. Οι περισσότεροι και καλύτεροι στρατηγοί του ήταν Έλληνες, Αλβανοί, Αρμένιοι, και Σλάβοι.
