Συνεχίζοντας την αναζήτηση των αιτίων, που οδήγησαν μια σειρά διαπρεπών διανοούμενων σε όλο τον κόσμο, να αναγνωρίσουν ως βάση ενός νέου δυτικού πολιτισμικού ρεύματος την επιστημονική κι κοινωνική σκέψη της αρχαίας ελληνικής διανόησης, δεν μπορούμε παρά να αναφερθούμε και στην σκέψη του μεγάλου Έλληνα φιλοσόφου Ηράκλειτου.
Ο Ηράκλειτος, ένας από τους διασημότερους και πιο βαθυστόχαστους φιλοσόφους της προσωκρατικής περιόδου, γεννήθηκε στην Έφεσο, το 544πΧ και πέθανε το 484πΧ. Ο μεγάλος φιλόσοφος καταγόταν από βασιλική οικογένεια και έζησε στην Έφεσο, που ήταν αθηναϊκή αποικία στα παράλια της Λυδίας στη Μικρά Ασία. Τη φιλοσοφία του ο Ηράκλειτος τη διατύπωσε στο σύγγραμμά του Περί φύσεως, χωρίς ακριβείς αποδείξεις, με χτυπητούς, σύντομους αλλά και δυσνόητους αφορισμούς που μοιάζουν σαν χρησμοί. Για το ύφος του αυτό τον ονόμασαν "σκοτεινό". Η δυσκολία όμως των φιλοσοφικών εννοιών του, όπως επεσήμανε και ο Αριστοτέλης, ίσως οφείλεται στο γεγονός πως τα βιβλία του γράφτηκαν στην ιωνική διάλεκτο, με αποτέλεσμα να δημιουργούνται, γλωσσικά προβλήματα κατανόησης. Πολλοί είναι όμως αυτοί που ισχυρίζονται ότι το σκοτεινό ύφος του Ηράκλειτου ήταν ηθελημένο, καθώς κι ότι ο Εφέσιος πρέπει να κατέφυγε σε αυτό τον τρόπο έκφρασης, προκειμένου να είναι κατανοητός μόνο από έναν περιορισμένο αριθμό μυημένων. Ο ίδιος ο Σωκράτης άλλωστε ομολογούσε πως, για να διαβάσει τέτοια βιβλία, δίχως να πνιγεί μέσα τους, θα χρειαζόταν τη βοήθεια ενός «δεινού κολυμβητή».
Ο Ηράκλειτος επικεντρώθηκε με έναν ιδιαίτερο τρόπο στο πρόβλημα της προέλευσης του κόσμου και μέσω της λύσης αυτού του προβλήματος οδηγήθηκε σε μια σειρά υποθέσεων πού αφορούν τον άνθρωπο. Με τον τρόπο αυτό διαφοροποιήθηκε ανοιχτά από τους άλλους φυσιολόγους της Ιωνίας, με εξαίρεση ίσως, μόνον τον Αναξίμανδρο, οι οποίοι δεν αντιμετώπισαν ποτέ με σαφήνεια το πρόβλημα της θέσης του ανθρώπου πάνω στη Γή. Ο Ηράκλειτος διακρίνει τους ανθρώπους σε αφυπνισμένους και καθεύδοντες δηλαδή κοιμώμενους. Οι κοιμώμενοι δεν κατανοούν την ατέρμονα ροή των συμβάντων και των πραγμάτων και παραμένουν σαν υπόδουλοι, όμηροι δηλαδή ψεύτικων και εύκολων δοξασιών και εντυπώσεων, πού ο καθένας τους δημιουργεί σε μια δική του υποκειμενική διάσταση, ή όπως λέει ο Ηράκλειτος, σε έναν δικό του και προσωπικό κόσμο που δημιουργεί. Αφυπνισμένοι αντιθέτως είναι οι άνθρωποι εκείνοι πού έχουν κατανοήσει τη βαθειά διαφορά μεταξύ του ευρύτερου συμπαντικού νόμου και της αλήθεια του, τον οποίο ο Ηράκλειτος ονόμασε «Λόγο», από τα επιφαινόμενα, αυτά δηλαδή που αντιλαμβάνεται μέσα σε έναν προσωπικό και υποκειμενικό χώρο που δημιουργεί. Η κατανόηση αυτής της διαφοράς, για το μεγάλο φιλόσοφο, οδηγεί στην κατανόηση της βασικής κοσμικής αρχής, της αρμονίας των αντιθέσεων, η οποία είναι και η βασική αρχή της διαλεκτικής άλλα έμμεσα και της δημοκρατίας. Ο λόγος, για τον Ηράκλειτο, δεν είναι δεμένος με μεταφυσικές, ή ιδεαλιστικές αντιλήψεις. Όλα στον κόσμο γίνονται λογικά, σύμφωνα μ' έναν αυστηρό νόμο, αδιάφορα αν δεν το αισθάνονται οι άνθρωποι. Ο λόγος είναι ένας κοσμικός νόμος, μια δύναμη που βρίσκεται μέσα στα πράγματα. Το ανθρώπινο λογικό είναι ένα κομμάτι, μια συνέπεια του κοσμικού λόγου. Παίρνοντας μέρος σ' αυτόν, οι άνθρωποι γίνονται λογικοί. Γι' αυτό ο λόγος είναι κοινός και υποχρεωτικός για όλους, παρόλο που οι άνθρωποι φαντάζονται ότι ενεργούν ελεύθερα. Με τον τρόπο αυτό η Δικαιοσύνη και Ηθική πηγάζουν από τον Κοσμικό Λόγο.
Κατά τον Ηράκλειτο, η έννοια της θεότητας είναι μια έκφραση του ενδοκοσμικού νου, που δημιουργεί τη φύση, την ιστορία, τη θρησκεία, το δίκαιο, την ηθικότητα. Όπως και ο Ξενοφάνης, ο Ηράκλειτος ξεκινά από την παρατήρηση του κόσμου, τον οποίο θεωρεί και αυτός ως ενιαίο σύνολο, το οποίο ούτε γεννήθηκε ούτε και θα χαθεί ποτέ. Όμως ενώ ο Ξενοφάνης θεωρεί ότι η πρώτη ουσία του κόσμου είναι η θεότητα, ο Ηράκλειτος πιστεύει σε μία νοητική και μη αισθητή πρώτη αρχή, το λόγο. Συγχρόνως η αδιάκοπη αλλαγή καθώς και η αστάθεια κάθε μερικού γεγονότος, του δημιουργεί μια τόσο δυνατή εντύπωση, ώστε θεωρεί αυτή την αιώνια μεταβολή των πάντων σαν έκφραση ενός καθολικού συμπαντικού νόμου, τον οποίο ο άνθρωπος αντιλαμβάνεται ως «πυρ», δηλαδή φωτιά. Ο Ηράκλειτος όμως μπορεί να θεωρηθεί και ως εκφραστής της πρώιμης φυσιολογίας διατυπώνοντας θεωρίες που βοήθησαν ε στην ανάπτυξη της ιατρικής καθώς όλοι του οι φιλοσοφικοί αφορισμοί συμπίπτουν με τη λειτουργία) του σώματος. Έμπειρος παρατηρητής και μελετητής της φύσης εμπέδωσε αρχές και αξιώματα πού συν τω χρόνω αποδείχθηκαν αληθή για την ιατρική, αξιώματα αλληλοσυγκρουόμενα, μη σταθερά, όπως ακριβώς λειτουργεί το ανθρώπινο σώμα με βάση τη φύση και όχι τη ψυχρή λογική των μαθηματικών.
Ο Ηράκλειτος με τη φιλοσοφία του επηρέασε τον Ιπποκράτη και την μετέπειτα Ιπποκρατική σχολή και ιπποκρατική μέθοδο. Μέσα στη φιλοσοφία του Ηράκλειτου μπορούμε τελικά να διακρίνουμε μια άρνηση ενός στείρου υλοζωϊστικού υλισμού που στεκόταν ανίσχυρος και ανίκανος να δώσει μια εξήγηση από ποιο προϋπάρχον υλικό και με ποιον τρόπο γεννήθηκαν το νερό, το άπειρου, ο αέρας, το χώμα και το νερό που έθεταν σαν αρχή του κόσμου οι άλλοι προσωκρατικοί φιλόσοφοι. Για τον Ηράκλειτο όλα τα προηγούμενα δεν δημιουργήθηκαν από κάτι άλλο, και αυτό υλικό, αλλά από έναν προαιώνιο και συμπαντικό και μη υλικό νόμο από τον οποίο γεννιούνται όλα τα υπόλοιπα στοιχεία αλλά συγχρόνως και οι ζώσες συμπαντικές αλήθειες. Το συμπαντικό αυτό και προαιώνιο νόμο ονόμασε γίγνεσθαι και εκφράζει την κοσμική διάθεση μιας συνεχούς αλλαγής και μετασχηματισμού των πάντων μέσω της αρμονικής σύγκρουσης των αντιθέτων. Η αρμονική αυτή σύγκρουση των αντιθέτων που συνθέτει τα ανόμοια σε κάτι καινούργιο, γεννά τον Λόγο, ο οποίος αποτελεί την απώτερη λογική αιτιολογία της δημιουργίας του κόσμου, δηλαδή αυτό που ονομάζουμε Θεό. Η εμπειρική για τον άνθρωπο έκφραση του Λόγου είναι το πυρ, η φωτιά, η οποία εκφράζει την γενικότερη έννοια της ενέργειας η οποία είναι ικανή να μετατρέψει και να μετατραπεί στα διάφορα στοιχεία πού διαμορφώνουν τον κόσμο.
Ας δούμε όμως πιο προσεκτικά τη δομή της σκέψης του μεγάλου προσωκρατικού φιλόσοφου. Το πρώτο και θεμελιακό σημείο της φιλοσοφίας του Ηράκλειου αποτελεί η έννοια του γίγνεσθαι. Το γίγνεσθαι εκφράζει τον συμπαντικό νόμο που οδηγεί στη συνεχή μεταβολή όλων των πραγμάτων από μια κατάσταση σε κάποια άλλη. Τα «Πάντα Ρεί» λέει ο Ηράκλειτος, τα πάντα ρέουν και όλα μετασχηματίζονται, ακατάπαυστα και αυτή η συνεχής μεταβολή δημιουργεί την έννοια του κόσμου. Το μόνο αμετάβλητο μέσα στο Σύμπαν είναι αυτός ο ίδιος ο νόμος της αλλαγής. Το γίγνεσθαι, η φυσική αλλαγή των πραγμάτων, φαίνεται μέσα στο χρόνο. Κάθε πράγμα είναι πρόσκαιρο. Κάθε όψη του κόσμου μεταβάλλεται διότι είναι ο χρόνος πού απαιτεί αυτή τη μεταβολή. Ο χρόνος εκφράζεται με τη διέλευση των πραγμάτων από τη μια κατάσταση στην άλλη κι αυτή η διέλευση, συνιστά την ίδια την πρώτη ουσία του κόσμου. Ποιο είναι όμως το συμπαντικό γεγονός μέσω του οποίου πραγματοποιείται το γίγνεσθαι, η συνεχής δηλαδή κοσμική αλλαγή; Κατά τον Ηράκλειτο το φυσικό αυτό αίτιο είναι η αντιπαράθεση των αντιθέτων. Τα πάντα μέσα στον κόσμο συνοδεύονται από κάτι που είναι αντίθετο και αντιπαρατίθεται προς αυτά. Αν δεν υπήρχε το αντίθετο των πραγμάτων δεν θα ήταν δυνατή να αντιληφθούμε αυτά τα ίδια τα πράγματα. Ως εκ τούτου ορίζουμε την ημέρα σαν εκείνο πού αντιτίθεται στη νύχτα. Εάν δεν υπήρχε η νύχτα δεν θα μπορούσαμε να ξέρουμε τι είναι η ημέρα. Ο Ηράκλειτος δηλώνει ότι δεν θα υπήρχε φώς δίχως σκοτάδι, υγεία δίχως ασθένεια, χορτασμός δίχως πείνα, κάθε πράγμα προσεγγίζει τον ορισμό του από τη σύγκριση με τα άλλα. Το κάθε πράγμα αντικαθίσταται βαθμιαία από το αντίθετό του. Για παράδειγμα η ημέρα αντικαθίσταται βαθμιαία από τη νύχτα, το κρύο από ζέστη, το υγρό από ξηρό, και είναι αυτή η σύγκρουση πού δημιουργεί εκείνη την απαραίτητη ισορροπία πού διαιωνίζει την ύπαρξη. Αυτή την αντιπαράθεση και την σύγκρουση των αντιθέτων ο Ηράκλειτος την ονόμασε «πόλεμο». Όλα τα πράγματα είναι ένα, όπως δηλώνει ο ίδιος ο Ηράκλειτος, Κάθε πράγμα πού αντιτίθεται στα άλλα έχει από κοινού με εκείνα μια ορισμένη όψη, την αντίθεση, την απαραίτητη δηλαδή σχέση με τα άλλα πράγματα, από την οποία εκπορεύεται κατ’ ανάγκην η σημασία τους. Με την έννοια «πόλεμος» εκφράζεται μια αρμονία, μια μορφή παγκοσμίας δικαιοσύνης. Η μόνιμη αντιπαράθεση κάθε όψης της πραγματικότητας με την αντίθετή της γεννά μια ισορροπία πού δεν επιτρέπει σε κανένα στοιχείο να καταχραστεί τα άλλα διότι αυτό θα ήταν αδικία. Με τον τρόπο αυτό κανένα στοιχείο δεν μπορεί να καταχραστεί τα άλλα δίχως να χάσει την ίδια τη σημασία του. Όπως είναι φανερό λοιπόν, ο Ηράκλειτος λέγοντας "πόλεμος πάντων πατήρ", δεν αναφέρεται στις μικρόψυχες ανθρώπινες συγκρούσεις μίσους και σκοπιμότητας αλλά σε μια αθέατη και αέναη κοσμική λειτουργία συμπαντικών ισορροπιών.
Μια άλλη έννοια στην οποία αναφέρεται ο Ηράκλειτος είναι ο Λόγος ο οποίος εκφράζει τον ύψιστο νόμο πού κυβερνά το κόσμο, και ο οποίος εξισορροπεί τα αντίθετα δημιουργεί την αρμονία. Ο λόγος αντικατοπτρίζει και διασαφηνίζει τη δομή όλων εκείνων των αντιθέσεων μεταξύ των πραγμάτων πού καθιστούν δυνατό το γίγνεσθαι και την ίδια τη ζωή στο σύμπαν, ο λόγος είναι η ίδια η δομή, ο νόμος πού εκφράζει το σύνολο των σχέσεων Η λέξη λόγος περικλείει και περικλείεται σε πολλές έννοιες όμως αυτές της, κρίσης, της ευφυΐας, του νόμου, της σκέψης, της λογικής, και των κανόνων. Η σχέση των ανθρώπων με τον λόγο εκφράζει τη σχέση με την αλήθεια. Ο νόμος και η τάξη των Πάντων είναι ένας αιώνιος λόγος πού προσφέρεται στην ακοή όλων. Οι περισσότεροι τον ακροάζονται, αλλά δεν μπορούν να τον ακούσουν. Κάθε ημέρα τον ανταμώνουν και παρόλα αυτά δεν τον καταλαβαίνουν. Ζουν χωρισμένοι από τον «κοινό», Θεϊκό νόμο των Πάντων. Όποιος είναι σε θέση να κατανοήσει το Λόγο θα προσεγγίσει όλο και περισσότερο την αλήθεια και την αυθεντική σοφία. Για τον Ηράκλειτο δεν είναι σοφός εκείνος πού γνωρίζει έναν μεγάλο αριθμό πραγμάτων, αλλά εκείνος πού γνωρίζει να συλλέγει καλύτερα από άλλους τη φύση των σχέσεων πού εγκαθίστανται μεταξύ των πραγμάτων.
Τέλος η τελική έννοια που εκφράζει την εκδήλωση της αιώνιας αλλαγής του γίγνεσθαι αλλά και του Λόγου, στον κατανοητό από τις ανθρώπινες αισθήσεις κόσμο, είναι το πυρ, η φωτιά. Το πυρ θεωρείται ως στοιχείο αποσταθεροποιητικό, και ικανό να προκαλέσει εκείνη την αλλαγή πού επιτρέπει στα πράγματα να μετατραπούν από τη μια κατάσταση στην άλλη. Σύμφωνα με τον Ηράκλειτο, από το πυρ ελευθερώνονται αέρια, τα αέρια γίνονται νερό, το νερό μόλις εξατμιστεί, αφήνει υπολείμματα πού πηγαίνουν να συνθέσουν όλα τα στερεά. Με λίγα λόγια, ο πόλεμος, η διαπάλη δηλαδή μεταξύ των αντιθέτων έχει ως κίνητρο το πυρ το οποίο εκφράζει αυτό που σήμερα ονομάζουμε ενέργεια. Μεγαλύτερη πχ θερμική ενέργεια σημαίνει μεγαλύτερη κίνησης ενώ έλλειμμα του ψυχρού σημαίνει ακινησία και νέκρα.
Πολλοί από τους νεώτερους μελετητές του Ηράκλειτου τον θεωρούν αντιδημοκράτη με τα μέτρα της Γαλλικής η της Ρωσικής επανάστασης. Τόσο κατά τη διάρκεια, όσο και αμέσως μετά από αυτές τις μεγάλες κοινωνικές αλλαγές επικράτησε μια περίοδος βίας και η διοικητική συγκρότηση της δημοκρατίας βρέθηκε στα χέρια των πλέον ακραίων επαναστατικών στοιχείων τα οποία δεν μπόρεσαν να την διαχειριστούν. Η λογική αυτή επικρατούσε και κατά την περίοδο που έζησε ο Ηράκλειτος, μια λογική που απέρριπτε ο μεγάλος φιλόσοφος αντιπροτείνοντας η διοίκηση των δημοκρατικών δομών να περιέλθει στα χέρια των άξιων. Πρότεινε δηλαδή μια δημοκρατία της αξιοκρατίας. Ο χαρακτηρισμός του αντιδημοκράτη αποδόθηκε στον Ηράκλειτο από την ρήση του «ένας μόνον άνθρωπος αξίζει δέκα χιλιάδες εφόσον είναι ο καλύτερος» αλλά και από μια σειρά αποσπασμάτων του, όπου στηλιτεύει τα πολιτικά ήθη των συμπολιτών του Ας δούμε όμως καλλίτερα την κοινωνική και πολιτική διαδρομή του Ηράκλειτου. Η πολιτική δράση του Ηράκλειτου αρχίζει κατά τα φαινόμενα μεταξύ 510 και ως το 500 περίπου. Εξελίσσεται κατά τα χρόνια της προεργασίας της Ιωνικής επανάστασης, εποχή που οι εγκάθετοι τύραννοι παραιτούνται και συμβαίνουν σαρωτικές αλλαγές του πολιτεύματος στις Ιωνικές πόλεις. Ο σκληρός και φιλοπερσικός βραχνάς των τυράννων της Εφέσου, του Αρισταγόρα και του Κώμα, τελειώνει, και συγκροτείται ένας επαναστατικός λαϊκός διοικητικός πυρήνας. Ο Ηράκλειτος την περίοδο αυτή προσπαθεί να μη συμβούν φαινόμενα ακραίας βίαιης συμπεριφοράς. Είναι επιβεβαιωμένος πατριώτης αλλά και δημοκράτης, κρατώντας όμως μέχρι τότε, στάση αναμονής. Δεν απαντάται να έχει μετάσχει ως τότε στα κοινά, αν και θα μπορούσε ως αριστοκράτης και απόγονος του μεγάλου οικιστή, του Κοδρίδη Άνδροκλου. Ο πατριωτισμός του βγαίνει μέσα από τα γραφτά του και από την πολιτική του συμπεριφορά στα κρίσιμα χρόνια της αλλαγής του πολιτεύματος. Ο Ηράκλειτος πίστευε πως η αλλαγή του πολιτεύματος σε δημοκρατικό, ήταν ευκαιρία για να δημιουργηθεί μέσα στη δημοκρατία μια κοινωνία αξιών. Ήταν σίγουρα ερειστικός με θέσεις συχνά ακραίες και αντίθετες στη λαϊκή βάση, ωρυόμενος ότι τις πράξεις του ανθρώπου πρέπει να τις καθοδηγούν τα ανώτερα όργανα που είναι το κεφάλι και όχι τα κατώτερα που είναι το στομάχι. Ο λαός και η λαϊκή διοίκησή του, απαντούσε πως με άδειο το στομάχι σκέψη δεν γίνεται, ο Ηράκλειτος ανταπαντούσε πως το στομάχι καλώς κάνει την εξέγερση αλλά όταν χορτάσει, τον πρώτο ρόλο πρέπει να τον έχει το κεφάλι. Ο Ηράκλειτος με τα λόγια του επέκρινε βίαια τις πρακτικές της τότε λαϊκής διοίκησης, προσπαθώντας να προσανατολίσει την νεογέννητη δημοκρατία προς μια πνευματική κατεύθυνση και όχι προς μια βαθειά υλιστική προς την οποία κατευθυνόταν. Με τον τρόπο αυτό δημιουργήθηκε μια αντιπάθεια του λαϊκού αισθήματος απέναντι στον μεγάλο φιλόσοφο. Η αντιπάθεια αυτή οδήγησε στον χαρακτηρισμό του «αντιδημοκράτη».
Όμως, ότι ο Ηράκλειτος ήταν δημοκράτης, προκύπτει από το γεγονός ότι, αν και από αριστοκρατική οικογένεια, μέχρι την εγκαθίδρυση της δημοκρατίας δεν συμμετείχε στον ηγεμονικό πυρήνα. Κατά τα φαινόμενα δραστηριοποιήθηκε πολιτικά στην έναρξη της δημοκρατίας και κανείς στην εποχή του δεν τον κατηγόρησε για αντιδημοκράτη, αλλά μάλλον με τα σημερινά δεδομένα θα του ταίριαζε ο τίτλος του αξιοκράτη δημοκράτη ή του δημοκρατικού αντεπαναστάτη του πνεύματος. Ο αντιδημοκράτης δεν θέλει τη δημοκρατία, ενώ ο δημοκρατικός αντεπαναστάτης του πνεύματος θέλει μετά την απελευθέρωση του ανθρώπου από το ζυγό άλλων ανθρώπων, να επακολουθήσει, στο πλαίσιο πάντα της δημοκρατικής συγκρότησης, μια επανάσταση του πνεύματος που θα οδηγήσει τον άνθρωπο στην απελευθέρωση του από τα ίδια τα πάθη και τις αδυναμίες του οδηγώντας τον σε μια εσωτερική πνευματική απελευθέρωση. Ανά τους αιώνες δεν είναι τίποτα πιο δύσκολο από το να κάνεις, μέσα στο πλαίσιο της δημοκρατίας, μια δημοκρατική επανάσταση πνεύματος και αξιών,. Ο Ηράκλειτος το επιχείρησε, και μένει σε μας να το ξαναεπιχειρήσουμε, έναντι οποιουδήποτε προσωπικού η επαγγελματικού κόστους.
Ο Ηράκλειτος, ένας από τους διασημότερους και πιο βαθυστόχαστους φιλοσόφους της προσωκρατικής περιόδου, γεννήθηκε στην Έφεσο, το 544πΧ και πέθανε το 484πΧ. Ο μεγάλος φιλόσοφος καταγόταν από βασιλική οικογένεια και έζησε στην Έφεσο, που ήταν αθηναϊκή αποικία στα παράλια της Λυδίας στη Μικρά Ασία. Τη φιλοσοφία του ο Ηράκλειτος τη διατύπωσε στο σύγγραμμά του Περί φύσεως, χωρίς ακριβείς αποδείξεις, με χτυπητούς, σύντομους αλλά και δυσνόητους αφορισμούς που μοιάζουν σαν χρησμοί. Για το ύφος του αυτό τον ονόμασαν "σκοτεινό". Η δυσκολία όμως των φιλοσοφικών εννοιών του, όπως επεσήμανε και ο Αριστοτέλης, ίσως οφείλεται στο γεγονός πως τα βιβλία του γράφτηκαν στην ιωνική διάλεκτο, με αποτέλεσμα να δημιουργούνται, γλωσσικά προβλήματα κατανόησης. Πολλοί είναι όμως αυτοί που ισχυρίζονται ότι το σκοτεινό ύφος του Ηράκλειτου ήταν ηθελημένο, καθώς κι ότι ο Εφέσιος πρέπει να κατέφυγε σε αυτό τον τρόπο έκφρασης, προκειμένου να είναι κατανοητός μόνο από έναν περιορισμένο αριθμό μυημένων. Ο ίδιος ο Σωκράτης άλλωστε ομολογούσε πως, για να διαβάσει τέτοια βιβλία, δίχως να πνιγεί μέσα τους, θα χρειαζόταν τη βοήθεια ενός «δεινού κολυμβητή».
Ο Ηράκλειτος επικεντρώθηκε με έναν ιδιαίτερο τρόπο στο πρόβλημα της προέλευσης του κόσμου και μέσω της λύσης αυτού του προβλήματος οδηγήθηκε σε μια σειρά υποθέσεων πού αφορούν τον άνθρωπο. Με τον τρόπο αυτό διαφοροποιήθηκε ανοιχτά από τους άλλους φυσιολόγους της Ιωνίας, με εξαίρεση ίσως, μόνον τον Αναξίμανδρο, οι οποίοι δεν αντιμετώπισαν ποτέ με σαφήνεια το πρόβλημα της θέσης του ανθρώπου πάνω στη Γή. Ο Ηράκλειτος διακρίνει τους ανθρώπους σε αφυπνισμένους και καθεύδοντες δηλαδή κοιμώμενους. Οι κοιμώμενοι δεν κατανοούν την ατέρμονα ροή των συμβάντων και των πραγμάτων και παραμένουν σαν υπόδουλοι, όμηροι δηλαδή ψεύτικων και εύκολων δοξασιών και εντυπώσεων, πού ο καθένας τους δημιουργεί σε μια δική του υποκειμενική διάσταση, ή όπως λέει ο Ηράκλειτος, σε έναν δικό του και προσωπικό κόσμο που δημιουργεί. Αφυπνισμένοι αντιθέτως είναι οι άνθρωποι εκείνοι πού έχουν κατανοήσει τη βαθειά διαφορά μεταξύ του ευρύτερου συμπαντικού νόμου και της αλήθεια του, τον οποίο ο Ηράκλειτος ονόμασε «Λόγο», από τα επιφαινόμενα, αυτά δηλαδή που αντιλαμβάνεται μέσα σε έναν προσωπικό και υποκειμενικό χώρο που δημιουργεί. Η κατανόηση αυτής της διαφοράς, για το μεγάλο φιλόσοφο, οδηγεί στην κατανόηση της βασικής κοσμικής αρχής, της αρμονίας των αντιθέσεων, η οποία είναι και η βασική αρχή της διαλεκτικής άλλα έμμεσα και της δημοκρατίας. Ο λόγος, για τον Ηράκλειτο, δεν είναι δεμένος με μεταφυσικές, ή ιδεαλιστικές αντιλήψεις. Όλα στον κόσμο γίνονται λογικά, σύμφωνα μ' έναν αυστηρό νόμο, αδιάφορα αν δεν το αισθάνονται οι άνθρωποι. Ο λόγος είναι ένας κοσμικός νόμος, μια δύναμη που βρίσκεται μέσα στα πράγματα. Το ανθρώπινο λογικό είναι ένα κομμάτι, μια συνέπεια του κοσμικού λόγου. Παίρνοντας μέρος σ' αυτόν, οι άνθρωποι γίνονται λογικοί. Γι' αυτό ο λόγος είναι κοινός και υποχρεωτικός για όλους, παρόλο που οι άνθρωποι φαντάζονται ότι ενεργούν ελεύθερα. Με τον τρόπο αυτό η Δικαιοσύνη και Ηθική πηγάζουν από τον Κοσμικό Λόγο.
Κατά τον Ηράκλειτο, η έννοια της θεότητας είναι μια έκφραση του ενδοκοσμικού νου, που δημιουργεί τη φύση, την ιστορία, τη θρησκεία, το δίκαιο, την ηθικότητα. Όπως και ο Ξενοφάνης, ο Ηράκλειτος ξεκινά από την παρατήρηση του κόσμου, τον οποίο θεωρεί και αυτός ως ενιαίο σύνολο, το οποίο ούτε γεννήθηκε ούτε και θα χαθεί ποτέ. Όμως ενώ ο Ξενοφάνης θεωρεί ότι η πρώτη ουσία του κόσμου είναι η θεότητα, ο Ηράκλειτος πιστεύει σε μία νοητική και μη αισθητή πρώτη αρχή, το λόγο. Συγχρόνως η αδιάκοπη αλλαγή καθώς και η αστάθεια κάθε μερικού γεγονότος, του δημιουργεί μια τόσο δυνατή εντύπωση, ώστε θεωρεί αυτή την αιώνια μεταβολή των πάντων σαν έκφραση ενός καθολικού συμπαντικού νόμου, τον οποίο ο άνθρωπος αντιλαμβάνεται ως «πυρ», δηλαδή φωτιά. Ο Ηράκλειτος όμως μπορεί να θεωρηθεί και ως εκφραστής της πρώιμης φυσιολογίας διατυπώνοντας θεωρίες που βοήθησαν ε στην ανάπτυξη της ιατρικής καθώς όλοι του οι φιλοσοφικοί αφορισμοί συμπίπτουν με τη λειτουργία) του σώματος. Έμπειρος παρατηρητής και μελετητής της φύσης εμπέδωσε αρχές και αξιώματα πού συν τω χρόνω αποδείχθηκαν αληθή για την ιατρική, αξιώματα αλληλοσυγκρουόμενα, μη σταθερά, όπως ακριβώς λειτουργεί το ανθρώπινο σώμα με βάση τη φύση και όχι τη ψυχρή λογική των μαθηματικών.
Ο Ηράκλειτος με τη φιλοσοφία του επηρέασε τον Ιπποκράτη και την μετέπειτα Ιπποκρατική σχολή και ιπποκρατική μέθοδο. Μέσα στη φιλοσοφία του Ηράκλειτου μπορούμε τελικά να διακρίνουμε μια άρνηση ενός στείρου υλοζωϊστικού υλισμού που στεκόταν ανίσχυρος και ανίκανος να δώσει μια εξήγηση από ποιο προϋπάρχον υλικό και με ποιον τρόπο γεννήθηκαν το νερό, το άπειρου, ο αέρας, το χώμα και το νερό που έθεταν σαν αρχή του κόσμου οι άλλοι προσωκρατικοί φιλόσοφοι. Για τον Ηράκλειτο όλα τα προηγούμενα δεν δημιουργήθηκαν από κάτι άλλο, και αυτό υλικό, αλλά από έναν προαιώνιο και συμπαντικό και μη υλικό νόμο από τον οποίο γεννιούνται όλα τα υπόλοιπα στοιχεία αλλά συγχρόνως και οι ζώσες συμπαντικές αλήθειες. Το συμπαντικό αυτό και προαιώνιο νόμο ονόμασε γίγνεσθαι και εκφράζει την κοσμική διάθεση μιας συνεχούς αλλαγής και μετασχηματισμού των πάντων μέσω της αρμονικής σύγκρουσης των αντιθέτων. Η αρμονική αυτή σύγκρουση των αντιθέτων που συνθέτει τα ανόμοια σε κάτι καινούργιο, γεννά τον Λόγο, ο οποίος αποτελεί την απώτερη λογική αιτιολογία της δημιουργίας του κόσμου, δηλαδή αυτό που ονομάζουμε Θεό. Η εμπειρική για τον άνθρωπο έκφραση του Λόγου είναι το πυρ, η φωτιά, η οποία εκφράζει την γενικότερη έννοια της ενέργειας η οποία είναι ικανή να μετατρέψει και να μετατραπεί στα διάφορα στοιχεία πού διαμορφώνουν τον κόσμο.
Ας δούμε όμως πιο προσεκτικά τη δομή της σκέψης του μεγάλου προσωκρατικού φιλόσοφου. Το πρώτο και θεμελιακό σημείο της φιλοσοφίας του Ηράκλειου αποτελεί η έννοια του γίγνεσθαι. Το γίγνεσθαι εκφράζει τον συμπαντικό νόμο που οδηγεί στη συνεχή μεταβολή όλων των πραγμάτων από μια κατάσταση σε κάποια άλλη. Τα «Πάντα Ρεί» λέει ο Ηράκλειτος, τα πάντα ρέουν και όλα μετασχηματίζονται, ακατάπαυστα και αυτή η συνεχής μεταβολή δημιουργεί την έννοια του κόσμου. Το μόνο αμετάβλητο μέσα στο Σύμπαν είναι αυτός ο ίδιος ο νόμος της αλλαγής. Το γίγνεσθαι, η φυσική αλλαγή των πραγμάτων, φαίνεται μέσα στο χρόνο. Κάθε πράγμα είναι πρόσκαιρο. Κάθε όψη του κόσμου μεταβάλλεται διότι είναι ο χρόνος πού απαιτεί αυτή τη μεταβολή. Ο χρόνος εκφράζεται με τη διέλευση των πραγμάτων από τη μια κατάσταση στην άλλη κι αυτή η διέλευση, συνιστά την ίδια την πρώτη ουσία του κόσμου. Ποιο είναι όμως το συμπαντικό γεγονός μέσω του οποίου πραγματοποιείται το γίγνεσθαι, η συνεχής δηλαδή κοσμική αλλαγή; Κατά τον Ηράκλειτο το φυσικό αυτό αίτιο είναι η αντιπαράθεση των αντιθέτων. Τα πάντα μέσα στον κόσμο συνοδεύονται από κάτι που είναι αντίθετο και αντιπαρατίθεται προς αυτά. Αν δεν υπήρχε το αντίθετο των πραγμάτων δεν θα ήταν δυνατή να αντιληφθούμε αυτά τα ίδια τα πράγματα. Ως εκ τούτου ορίζουμε την ημέρα σαν εκείνο πού αντιτίθεται στη νύχτα. Εάν δεν υπήρχε η νύχτα δεν θα μπορούσαμε να ξέρουμε τι είναι η ημέρα. Ο Ηράκλειτος δηλώνει ότι δεν θα υπήρχε φώς δίχως σκοτάδι, υγεία δίχως ασθένεια, χορτασμός δίχως πείνα, κάθε πράγμα προσεγγίζει τον ορισμό του από τη σύγκριση με τα άλλα. Το κάθε πράγμα αντικαθίσταται βαθμιαία από το αντίθετό του. Για παράδειγμα η ημέρα αντικαθίσταται βαθμιαία από τη νύχτα, το κρύο από ζέστη, το υγρό από ξηρό, και είναι αυτή η σύγκρουση πού δημιουργεί εκείνη την απαραίτητη ισορροπία πού διαιωνίζει την ύπαρξη. Αυτή την αντιπαράθεση και την σύγκρουση των αντιθέτων ο Ηράκλειτος την ονόμασε «πόλεμο». Όλα τα πράγματα είναι ένα, όπως δηλώνει ο ίδιος ο Ηράκλειτος, Κάθε πράγμα πού αντιτίθεται στα άλλα έχει από κοινού με εκείνα μια ορισμένη όψη, την αντίθεση, την απαραίτητη δηλαδή σχέση με τα άλλα πράγματα, από την οποία εκπορεύεται κατ’ ανάγκην η σημασία τους. Με την έννοια «πόλεμος» εκφράζεται μια αρμονία, μια μορφή παγκοσμίας δικαιοσύνης. Η μόνιμη αντιπαράθεση κάθε όψης της πραγματικότητας με την αντίθετή της γεννά μια ισορροπία πού δεν επιτρέπει σε κανένα στοιχείο να καταχραστεί τα άλλα διότι αυτό θα ήταν αδικία. Με τον τρόπο αυτό κανένα στοιχείο δεν μπορεί να καταχραστεί τα άλλα δίχως να χάσει την ίδια τη σημασία του. Όπως είναι φανερό λοιπόν, ο Ηράκλειτος λέγοντας "πόλεμος πάντων πατήρ", δεν αναφέρεται στις μικρόψυχες ανθρώπινες συγκρούσεις μίσους και σκοπιμότητας αλλά σε μια αθέατη και αέναη κοσμική λειτουργία συμπαντικών ισορροπιών.
Μια άλλη έννοια στην οποία αναφέρεται ο Ηράκλειτος είναι ο Λόγος ο οποίος εκφράζει τον ύψιστο νόμο πού κυβερνά το κόσμο, και ο οποίος εξισορροπεί τα αντίθετα δημιουργεί την αρμονία. Ο λόγος αντικατοπτρίζει και διασαφηνίζει τη δομή όλων εκείνων των αντιθέσεων μεταξύ των πραγμάτων πού καθιστούν δυνατό το γίγνεσθαι και την ίδια τη ζωή στο σύμπαν, ο λόγος είναι η ίδια η δομή, ο νόμος πού εκφράζει το σύνολο των σχέσεων Η λέξη λόγος περικλείει και περικλείεται σε πολλές έννοιες όμως αυτές της, κρίσης, της ευφυΐας, του νόμου, της σκέψης, της λογικής, και των κανόνων. Η σχέση των ανθρώπων με τον λόγο εκφράζει τη σχέση με την αλήθεια. Ο νόμος και η τάξη των Πάντων είναι ένας αιώνιος λόγος πού προσφέρεται στην ακοή όλων. Οι περισσότεροι τον ακροάζονται, αλλά δεν μπορούν να τον ακούσουν. Κάθε ημέρα τον ανταμώνουν και παρόλα αυτά δεν τον καταλαβαίνουν. Ζουν χωρισμένοι από τον «κοινό», Θεϊκό νόμο των Πάντων. Όποιος είναι σε θέση να κατανοήσει το Λόγο θα προσεγγίσει όλο και περισσότερο την αλήθεια και την αυθεντική σοφία. Για τον Ηράκλειτο δεν είναι σοφός εκείνος πού γνωρίζει έναν μεγάλο αριθμό πραγμάτων, αλλά εκείνος πού γνωρίζει να συλλέγει καλύτερα από άλλους τη φύση των σχέσεων πού εγκαθίστανται μεταξύ των πραγμάτων.
Τέλος η τελική έννοια που εκφράζει την εκδήλωση της αιώνιας αλλαγής του γίγνεσθαι αλλά και του Λόγου, στον κατανοητό από τις ανθρώπινες αισθήσεις κόσμο, είναι το πυρ, η φωτιά. Το πυρ θεωρείται ως στοιχείο αποσταθεροποιητικό, και ικανό να προκαλέσει εκείνη την αλλαγή πού επιτρέπει στα πράγματα να μετατραπούν από τη μια κατάσταση στην άλλη. Σύμφωνα με τον Ηράκλειτο, από το πυρ ελευθερώνονται αέρια, τα αέρια γίνονται νερό, το νερό μόλις εξατμιστεί, αφήνει υπολείμματα πού πηγαίνουν να συνθέσουν όλα τα στερεά. Με λίγα λόγια, ο πόλεμος, η διαπάλη δηλαδή μεταξύ των αντιθέτων έχει ως κίνητρο το πυρ το οποίο εκφράζει αυτό που σήμερα ονομάζουμε ενέργεια. Μεγαλύτερη πχ θερμική ενέργεια σημαίνει μεγαλύτερη κίνησης ενώ έλλειμμα του ψυχρού σημαίνει ακινησία και νέκρα.
Πολλοί από τους νεώτερους μελετητές του Ηράκλειτου τον θεωρούν αντιδημοκράτη με τα μέτρα της Γαλλικής η της Ρωσικής επανάστασης. Τόσο κατά τη διάρκεια, όσο και αμέσως μετά από αυτές τις μεγάλες κοινωνικές αλλαγές επικράτησε μια περίοδος βίας και η διοικητική συγκρότηση της δημοκρατίας βρέθηκε στα χέρια των πλέον ακραίων επαναστατικών στοιχείων τα οποία δεν μπόρεσαν να την διαχειριστούν. Η λογική αυτή επικρατούσε και κατά την περίοδο που έζησε ο Ηράκλειτος, μια λογική που απέρριπτε ο μεγάλος φιλόσοφος αντιπροτείνοντας η διοίκηση των δημοκρατικών δομών να περιέλθει στα χέρια των άξιων. Πρότεινε δηλαδή μια δημοκρατία της αξιοκρατίας. Ο χαρακτηρισμός του αντιδημοκράτη αποδόθηκε στον Ηράκλειτο από την ρήση του «ένας μόνον άνθρωπος αξίζει δέκα χιλιάδες εφόσον είναι ο καλύτερος» αλλά και από μια σειρά αποσπασμάτων του, όπου στηλιτεύει τα πολιτικά ήθη των συμπολιτών του Ας δούμε όμως καλλίτερα την κοινωνική και πολιτική διαδρομή του Ηράκλειτου. Η πολιτική δράση του Ηράκλειτου αρχίζει κατά τα φαινόμενα μεταξύ 510 και ως το 500 περίπου. Εξελίσσεται κατά τα χρόνια της προεργασίας της Ιωνικής επανάστασης, εποχή που οι εγκάθετοι τύραννοι παραιτούνται και συμβαίνουν σαρωτικές αλλαγές του πολιτεύματος στις Ιωνικές πόλεις. Ο σκληρός και φιλοπερσικός βραχνάς των τυράννων της Εφέσου, του Αρισταγόρα και του Κώμα, τελειώνει, και συγκροτείται ένας επαναστατικός λαϊκός διοικητικός πυρήνας. Ο Ηράκλειτος την περίοδο αυτή προσπαθεί να μη συμβούν φαινόμενα ακραίας βίαιης συμπεριφοράς. Είναι επιβεβαιωμένος πατριώτης αλλά και δημοκράτης, κρατώντας όμως μέχρι τότε, στάση αναμονής. Δεν απαντάται να έχει μετάσχει ως τότε στα κοινά, αν και θα μπορούσε ως αριστοκράτης και απόγονος του μεγάλου οικιστή, του Κοδρίδη Άνδροκλου. Ο πατριωτισμός του βγαίνει μέσα από τα γραφτά του και από την πολιτική του συμπεριφορά στα κρίσιμα χρόνια της αλλαγής του πολιτεύματος. Ο Ηράκλειτος πίστευε πως η αλλαγή του πολιτεύματος σε δημοκρατικό, ήταν ευκαιρία για να δημιουργηθεί μέσα στη δημοκρατία μια κοινωνία αξιών. Ήταν σίγουρα ερειστικός με θέσεις συχνά ακραίες και αντίθετες στη λαϊκή βάση, ωρυόμενος ότι τις πράξεις του ανθρώπου πρέπει να τις καθοδηγούν τα ανώτερα όργανα που είναι το κεφάλι και όχι τα κατώτερα που είναι το στομάχι. Ο λαός και η λαϊκή διοίκησή του, απαντούσε πως με άδειο το στομάχι σκέψη δεν γίνεται, ο Ηράκλειτος ανταπαντούσε πως το στομάχι καλώς κάνει την εξέγερση αλλά όταν χορτάσει, τον πρώτο ρόλο πρέπει να τον έχει το κεφάλι. Ο Ηράκλειτος με τα λόγια του επέκρινε βίαια τις πρακτικές της τότε λαϊκής διοίκησης, προσπαθώντας να προσανατολίσει την νεογέννητη δημοκρατία προς μια πνευματική κατεύθυνση και όχι προς μια βαθειά υλιστική προς την οποία κατευθυνόταν. Με τον τρόπο αυτό δημιουργήθηκε μια αντιπάθεια του λαϊκού αισθήματος απέναντι στον μεγάλο φιλόσοφο. Η αντιπάθεια αυτή οδήγησε στον χαρακτηρισμό του «αντιδημοκράτη».
Όμως, ότι ο Ηράκλειτος ήταν δημοκράτης, προκύπτει από το γεγονός ότι, αν και από αριστοκρατική οικογένεια, μέχρι την εγκαθίδρυση της δημοκρατίας δεν συμμετείχε στον ηγεμονικό πυρήνα. Κατά τα φαινόμενα δραστηριοποιήθηκε πολιτικά στην έναρξη της δημοκρατίας και κανείς στην εποχή του δεν τον κατηγόρησε για αντιδημοκράτη, αλλά μάλλον με τα σημερινά δεδομένα θα του ταίριαζε ο τίτλος του αξιοκράτη δημοκράτη ή του δημοκρατικού αντεπαναστάτη του πνεύματος. Ο αντιδημοκράτης δεν θέλει τη δημοκρατία, ενώ ο δημοκρατικός αντεπαναστάτης του πνεύματος θέλει μετά την απελευθέρωση του ανθρώπου από το ζυγό άλλων ανθρώπων, να επακολουθήσει, στο πλαίσιο πάντα της δημοκρατικής συγκρότησης, μια επανάσταση του πνεύματος που θα οδηγήσει τον άνθρωπο στην απελευθέρωση του από τα ίδια τα πάθη και τις αδυναμίες του οδηγώντας τον σε μια εσωτερική πνευματική απελευθέρωση. Ανά τους αιώνες δεν είναι τίποτα πιο δύσκολο από το να κάνεις, μέσα στο πλαίσιο της δημοκρατίας, μια δημοκρατική επανάσταση πνεύματος και αξιών,. Ο Ηράκλειτος το επιχείρησε, και μένει σε μας να το ξαναεπιχειρήσουμε, έναντι οποιουδήποτε προσωπικού η επαγγελματικού κόστους.