Το 1859 ο Charles Robert Darwin (1809 – 1882) δημοσίευσε ένα βιβλίο που έμελλε να αλλάξει για πάντα τον τρόπο που αντιλαμβανόμαστε την ανθρώπινη ύπαρξη. Η «Καταγωγή των Ειδών» έδωσε μία επιστημονική εξήγηση για την ποικιλία που παρατηρούμε στα έμβια όντα. Σύμφωνα με τη θεωρία του Δαρβίνου όλα τα είδη έχουν εξελιχθεί από κοινούς προγόνους, μέσα από τη διαδικασία που ονόμασε «φυσική επιλογή». Στη μάχη για την επιβίωση κερδίζουν εκείνα τα ζώα που διαθέτουν ό, τι χρειάζεται στο συγκεκριμένο περιβάλλον που ζουν και προσαρμόζονται. Τα υπόλοιπα εξαφανίζονται κι έτσι ο πληθυσμός της επόμενης γενιάς του συγκεκριμένου είδους είναι ισχυρότερη.
Ήταν η εποχή που γεννιόταν η επιστήμη όταν οι φυσικοί φιλόσοφοι αναζητούσαν την αρχή του κόσμου μέσα στα ίδια τα στοιχεία του. Ο Θαλής ο Μιλήσιος κατανοώντας την ανυπέρβλητη αξία του νερού αναζήτησε εκεί την αρχή της ζωής. Ο Ηράκλειτος από την Έφεσο, υποψιάστηκε την ύπαρξη μίας ενέργειας που ποτέ δεν χάνεται, αλλά μόνο αλλάζει μορφή και την παρουσίασε ως το αείζωον πυρ, από το οποίο προέρχεται η ζωή και από το οποίο συντηρείται. Ο Αναξιμένης (από τη Μίλητο κι αυτός) θεώρησε αρχή της ζωής τον αέρα, «επειδή τα πάντα αναπνέουν χάριν αυτού, ζουν και υπάρχουν». Ο Αναξίμανδρος όμως, σκέφτηκε πως η αρχή της ζωής θα πρέπει να βρίσκεται σε κάτι έξω από τα στοιχεία της φύσης, αφού και αυτά κάπως ήρθαν σε ύπαρξη. Έτσι, επινόησε την έννοια του απείρου. Το άπειρο είναι μία αιώνια και απροσδιόριστη ύλη, έξω από τον χώρο και τον χρόνο. Αυτή «γεννά» τα στοιχεία της φύσης, τα οποία με τη σειρά τους αλληλεπιδρούν μεταξύ τους και σχηματίζουν τα διάφορα όντα. Όταν τα όντα κάνουν τον κύκλο της ζωής τους επιστρέφουν εκεί από όπου προήλθαν.
Το ίδιο συμβαίνει και με τον κόσμο ολόκληρο. Ο Αναξίμανδρος θεωρούσε πως ο κόσμος γεννιέται και πεθαίνει, και στη θέση του ξεκινά και ακμάζει ένας νέος κόσμος. Άποψη πραγματικά αλλόκοτη για την εποχή του.
Αλλόκοτος όμως θα ακούστηκε στους συγχρόνους του και ο ισχυρισμός του πως τα έμβια όντα εξελίσσονται από ατελείς υπάρξεις σε τελειότερες, και μάλιστα πως και ο άνθρωπος προήλθε από τα ψάρια. Ο συλλογισμός που τον οδήγησε σε αυτό το συμπέρασμα ήταν ο εξής: «αρχικά ο άνθρωπος προήλθε από διαφορετικά ζώα, διότι τα άλλα ζώα είναι σε θέση να αυτοσυντηρηθούν λίγο καιρό μετά τη γέννησή τους, ενώ ο άνθρωπος χρειάζεται για πολλά χρόνια τη μητρική φροντίδα. Αν, λοιπόν, είχε εμφανιστεί εξ αρχής με την τωρινή του μορφή, δεν θα είχε επιβιώσει». (Ψευδοπλούταχος, Στρωμ. 2)
Αυτή ήταν η πρώτη ορθολογιστική προσπάθεια να εντοπιστεί η αρχή της ανθρώπινης ζωής. Ήταν δε τόσο πρωτοποριακή για την εποχή της, που οι διάδοχοι του Αναξιμάνδρου δεν ασχολήθηκαν καθόλου με αυτήν.
(Ο Αναξίμανδρος γεννήθηκε στη Μίλητο το 610 π.Κ.Χ και πέθανε το 546 π.Κ.Χ. Ήταν μαθητής του Θαλή και διέπρεψε στη γεωγραφία, στα μαθηματικά και την αστρονομία.)
Η εξέλιξη των ειδών εμφανίζεται πάλι μετά από πολλές δεκαετίες, στην ευφάνταστη θεωρία του Εμπεδοκλή από τον Ακράγαντα. Ο Εμπεδοκλής ήρθε στον κόσμο την ίδια χρονιά που γεννήθηκε ο Περικλής (495 π.Κ.Χ) και πέθανε 60 χρόνια αργότερα.
«Ο Εμπεδοκλής υποστήριζε πως οι πρώτες γενέσεις των ζώων και των φυτών ήταν ατελείς, με τα μέλη χωριστά και όχι συναρθρωμένα. Όταν τα μέλη συναρθρώθηκαν δημιουργήθηκαν οι δεύτερες γενέσεις, που ήταν σαν τα όντα που βλέπουμε στα όνειρά μας. Οι τρίτες δημιούργησαν ολοφυείς μορφές και οι τέταρτες δεν προέκυψαν από ομοιογενή στοιχεία όπως το νερό και η γη. Προέκυψαν από την ανάμειξη , η οποία άλλοτε προερχόταν από την συμπύκνωση της τροφής τους και άλλοτε επειδή η γυναικεία ωραιότητα διέγειρε τη γενετική ορμή. Και τα διάφορα είδη των ζώων διέφεραν το ένα από το άλλο ανάλογα με την ποιότητα του μείγματος…» (Αέτιος 5, 19, 5)
Σκόρπια και ασύνδετα μέλη και όργανα σχηματίζουν τερατόμορφα όντα. Σε επόμενο στάδιο, εκείνα που είναι πιο καλά εξοπλισμένα επιβιώνουν. Τα υπόλοιπα χάθηκαν «κι εξακολουθούν να χάνονται…», έλεγε.
Έλεγε ακόμα πως τα φύλλα, οι τρίχες και τα φτερά των πουλιών και τα λέπια των ψαριών είναι το ίδιο πράγμα. Είχε καταλάβει πως τα όργανα αυτά επιτελούν παρόμοιες λειτουργίες, αν και διαφέρουν τόσο πολύ στην εμφάνιση.
Ο Εμπεδοκλής ήταν επίσης ο πρώτος που συνυπολόγισε την τυχαιότητα στην εξέλιξη των ειδών και διατύπωσε την άποψη πως «πολλές ιδιότητες που έχουν τα ζώα τις έχουν επειδή έτυχε». (Αριστοτέλης, Φυσικά)
Ευνοϊκά αντιμετώπιζε την εξέλιξη και ο Επίκουρος (341-270 π.Κ.Χ). Μολονότι δεν διατύπωσε κάποια θεωρία, υποστήριζε πως οι ζωντανοί οργανισμοί αναπτύχθηκαν χωρίς σχέδιο και χωρίς την παρέμβαση κάποια μεταφυσικής οντότητας. Στη συνέχεια, η φυσική επιλογή επέτρεψε στα πιο λειτουργικά να επιζήσουν και να αναπαραχθούν.
Η πρώιμη αυτή θεωρία της εξέλιξης συνέχισε να απασχολεί κάποιους επιστήμονες και φιλοσόφους κατά τη διάρκεια της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Τον πρώτο αιώνα Κ.Χ, ο φιλόσοφος Λουκρήτιος έγραψε το διδακτικό ποίημα «Περί της φύσεως των πραγμάτων», με στόχο να παρουσιάσει στο ρωμαϊκό κοινό τη φιλοσοφία του Επίκουρου. Εκεί διαβάζουμε: «Καθώς ο χρόνος περνά, η φύση όλου του κόσμου αλλάζει. Τα πάντα περνούν από τη μία κατάσταση στην άλλη, αναγκαστικά και τίποτα δεν μένει χωρίς να υποστεί αλλαγή. Τα πάντα εξελίσσονται, η Φύση τα αλλάζει και τα εξαναγκάζει να μεταμορφωθούν. Την ώρα που κάτι σαπίζει με τον χρόνο και καταρρέει, ένα άλλο εμφανίζεται και αναπτύσσεται στη θέση του» (Ε 828-834)
Λίγο πιο κάτω γίνεται σαφής αναφορά στη διαδικασία της φυσικής επιλογής: «Πολλά είδη ζώων πρέπει τότε να αφανίστηκαν, επειδή δεν μπόρεσαν να ισχυροποιήσουν τη γενιά τους με την αναπαραγωγή. Διότι, όσα βλέπεις τώρα ν’ αναπνέουν τις αέρινες αύρες που δίνουν ζωή, από μόνα τους εξασφάλισαν την επιβίωσή τους εξ αρχής. Το κατόρθωσαν είτε με την εξυπνάδα, είτε με την γενναιότητα είτε με την ταχύτητά τους». (Ε 855-859)
Κάθε αναφορά στην εξέλιξη εξαφανίζεται μαζί με τη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία. Το βιβλίο του Λουκρήτιου είχε εξαφανιστεί κατά τη διάρκεια του Μεσαίωνα κι εμφανίστηκε ξανά στα χρόνια της Αναγέννησης. Το 1417, ο ουμανιστής Poggio Bracciolini ανακάλυψε ένα από τα ελάχιστα αντίγραφα που είχαν διασωθεί καταχωνιασμένα στις μεσαιωνικές μονές. Οι επιστήμονες έστρεψαν την προσοχή τους στην εξελικτική θεωρία από τον 18ο αιώνα περίπου προσπαθώντας με δειλά βήματα να την απαλλάξουν από θρησκευτικού τύπου προσμίξεις.
Στις αρχές του 19ου αιώνα, ο Λαμάρκ (1744 – 1829) θα διατυπώσει τη θεωρία της εξέλιξης των ειδών, η οποία έχει αναφορές στις πρώιμες ιδέες του Αναξίμανδρου και του Εμπεδοκλή: οι οργανισμοί προοδεύουν βαθμιαία από μία απλούστερη μορφή σε πολυπλοκότερη. Η θεωρία του Λαμάρκ δεν έγινε δεκτή από τον επιστημονικό κόσμο, έθεσε όμως τα θεμέλια για τη θεωρία του Δαρβίνου. Σε αντίθεση με τον Εμπεδοκλή που είχε κατανοήσει πως εκείνα τα ζώα που δεν είναι επαρκώς εξοπλισμένα εξαφανίζονται, ο Λαμάρκ πίστευε πως προσαρμόζονται στις νέες συνθήκες.
Ο Δαρβίνος αργότερα θα τον αντικρούσει υποστηρίζοντας πως οι καμηλοπαρδάλεις δεν απέκτησαν μακρύ λαιμό για να φτάνουν τα ψηλά κλαδιά, αλλά επέζησαν εκείνες που είχαν μακρύ λαιμό για να τα φτάνουν. Διατύπωσε τη θεωρία περί καταγωγής των ειδών μέσω φυσικής επιλογής (παράλληλα με τον Alfred Russel Wallace) και θεμελίωσε την άποψη αυτή στην επιστημονική κοινότητα. Στη συνέχεια, ο Thomas Henry Huxley (ο εισηγητής του αγνωστικισμού) θα εφαρμόσει τη θεωρία της εξέλιξης στο ανθρώπινο είδος και θα ερευνήσει την πιθανότητα ο άνθρωπος και ο πίθηκος να έχουν καταγωγή από κάποιον κοινό πρόγονο.
Μολονότι η θεωρία της εξέλιξης είναι τόσο αρχαία όσο ο Αναξίμανδρος, η πορεία της υπήρξε εξαιρετικά δύσκολη. Τα θρησκευτικά και φιλοσοφικά συστήματα που θέτουν τον άνθρωπο στον υψηλότερο θρόνο δίπλα σε έναν παντοδύναμο θεό γοήτευαν περισσότερο από τις ψυχρές επιστημονικές παρατηρήσεις. Ένας θεός που μας αγαπά και μας φροντίζει, που έχει μία έτοιμη απάντηση σε κάθε μας ερώτημα, ήταν κι εξακολουθεί να είναι ένα ασφαλές λιμάνι για όσους φοβούνται ή απλώς αντιπαθούν τα «ταξίδια». Άνθρωποι όμως όπως ο Αναξίμανδρος, ο Εμπεδοκλής, ο Επίκουρος, ο Λουκρήτιος και οι πρωτοπόροι επιστήμονες της σύγχρονης εποχής, δεν νιώθουν ασφαλείς σε κανένα λιμάνι. Και αν σήμερα έχουμε κατανοήσει τον τρόπο που εξελίσσονται και προσαρμόζονται βλαβεροί για το σώμα μας μικροοργανισμοί κι έχουμε φάρμακα για να τους νικήσουμε, είναι επειδή εκείνοι αναζήτησαν την ασφάλεια που παρέχει μόνο η γνώση!